(1)國外模式
在歐美成熟的市場，PE基金中超過50%的都是併購基金，主流模式為控股型併購，獲取標的企業控制權是併購投資的前提。國外的企業股權相對比較分散，主要依靠職業經理人管理運營，當企業發展出現困難或遇有好的市場機會，股東出售意願較強，併購人較易獲得目標企業的控制權。控股型併購可能需要對標的企業進行全方位的經營整合，因此對併購基金的管理團隊要求較高，通常需要有資深的職業經理人和管理經驗豐富的企業創始人。
國外併購基金的運作通常採用槓桿收購，通過垃圾債券、優先貸款、夾層融資等多樣化的融資工具提高槓杆率，使得投資規模和收益率隨之獲得提升。
夾層融資也是槓桿收購中一種常見的方式，收購方自有資金的出資比例通常大約只有10%—15%，銀行貸款約佔60%，中間約佔30%的是夾層資本，即收益和風險介於債務資本和股權資本之間的資本形態，一般採取次級貸款的形式，由於是無抵押擔保的貸款，其償還主要依靠企業經營產生的現金流(有時也考慮企業資產出售帶來的現金流)，貸款利率一般是標準貨幣市場資金利率(如 LIBOR)加上3—5%，還可能附有認股權證，除此之外夾層資本也可以採用可轉換票據或優先股等形式。
(2)國內模式
控股型併購模式要經歷一個較長的週期且必須有一個清晰的投資理念，目前國內的PE市場還相對處於發展階段，因此控股型併購模式操作比較少見，主要是參股型併購模式。通常有兩種方式，一是為併購企業提供融資支援，如過橋貸款，以較低的風險獲得固定或浮動收益，同時可通過將一部分債務融資轉變成權益性資本，實現長期股權投資收益。簡單來說，就是紫金投資將錢借給佔款股東，獲得股份，然後佔款股東將錢還給標的公司，這個過程中紫金投資拿該有的資金回報。這是國內投行作為財務顧問為併購提供過橋貸款的首次嘗試，過橋貸款是一種短期資金的融通，期限一般較短，不超過一年，由於其資金運作的重要性較高，往往會獲得較高的回報，且相對於長期融資，風險較容易控制。
第二種參股型併購是向標的企業進行適當股權投資，也可以聯合其他有整合實力的產業投資者為主導投資者，共同對被併購企業進行股權投資、整合重組，在適當時候通過將所持股權轉讓等形式退出。
目前國內併購基金常見的設立和運作步驟為：
(1)首先成立基金管理公司，用於充當併購基金的GP;
(2)挖掘一個或若干個專案，設立併購基金，募集LP。併購基金常常有一定的存續期，比如3年、5年、10年等;
(3)專案結束、併購基金到期，併購基金清盤，按照收益分配機制給 LP 提供相應的投資收益。
併購基金的主要參與者分為券商直投、PE 和產業資本三類。券商直投主要圍繞上市公司的需求發掘併購機會，結合投行、研究所提供綜合服務。PE主要服務於專案端，最後實現退出。產業資本往往圍繞自身上下游產業鏈佈局，一般只以較少比例出資(約10%-20%左右)，作為LP與PE機構聯合發起併購。
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