小產權房買賣合同糾紛主要是圍繞著合同有效還是無效而展開，根據合同法相關規定，合同的有效需要滿足當事人意思表示真實，且不存在違反法律效力的強制性規定，所以對於小產權房買賣合同也應當滿足這樣的要求。
小產權房買賣合同糾紛的有效與無效主要圍繞著合同當事人的身份而區分，因為小產權房的土地基礎不同於城市商品房土地性質，所以根據相關土地法律規定，小產權房只得在本村集體經濟組織成員中流轉，超出這一範圍的，合同將面臨無效。
這樣的法律規定其實是有其立法目的的，即為了保護村集體經濟組織土地使用權能夠在本村集體經濟組織成員中長久使用，也為了防止其他外來人員對土地做不正當的處置。所以對於外地人想購買本地小產權房的需要三思而行，因為一旦出現相關糾紛，這種小產權房的買賣合同很可能便被認定為無效合同。
當然現實生活中，小產權房在本村集體經濟組織成員中進行買賣還是比較多的，雖然不能獲得國家認可的不動產權屬登記，但是可以安心居住的。對於在繼承等方面也是可以合法繼承的，只是繼承以後進行相關轉讓會遇到一個不動產登記的法律問題，所以小產權房最好還是買來居住，這樣面臨的糾紛就會少許多。
