1. 估價方法存在的問題
目前大多數城市房地產拆遷評估，均採取基準價格結合成新、區位、臨街等係數的方式來綜合確定拆遷價，房屋的價格是由市場來確定的，不僅僅受其物理本身固有有形因素的影響，而且還受市場眾多因素影響，後者的影響往往比前者大。例如:房地產周邊環境這一影響因素，同一房地產所處同一區位，但不代表周邊環境是相同的，這是由房地產特性決定的，因此僅僅以基準價格來測算房地產市場價是沒有說服力的。
2.確定房屋基準價格存在的問題
房屋基準價的測算，首先是由政府來認定估價機構，後由該機構來測算，再由政府會同有關部門來確認其測算結果，實際上還是一種政府行為，擺脫不了政府的干預，因此房屋基準價還不是市場行為，不能準確反映市場房屋價格變化。
3.房屋徵收補償價存在的問題
土地的補償價沒有被真正體現。有些城市現行的房屋拆遷補償價，雖然是新得出的房屋拆遷補償價，但其最終結果也只能是在最大程度上反映房屋這一物體本身固有的有形狀態價，而不能正確反映這一房屋實體帶來的經濟效用價值，更不能反映土地這一無形資產價，當然這一最終結果普遍表現為補償價低這一結論。補償價沒能充分地考慮房地產的容積率、建築密度等合理利用土地的因素，而是以土地與房屋重置價合併計算為基準價，以房屋的建築面積來測算，其結果必然導致同質同量同價的土地因容積率、建築密度不同而得出不同的土地價格的現象發生。
4.在房屋性質認定上存在的問題
由於我國的房地產相關法律法規滯後，要被拆遷方完備、完善有關手續，實在是強人所難。而有些城市一味強調手續的完善，在房屋性質的認定上刻板教條，不考慮實際用途和使用價值。其最終往往會導致拆遷方不尊重歷史現實，無視房屋可以帶來的更大收益。
5.在安置房價格的確定上存在的問題
眾所周知，安置房是由拆遷人提供的，其價格的確定應是由開發商隨行就市，而被拆遷房是否也應當完全按照市場價格確定呢?事實上二者之間是有差距的:首先，在房屋的拆遷補償價的確定上存在著問題;其次，安置房價格滯後於拆遷房，兩者不是在同一時間點的價格，這樣必然導致在安置房價、拆遷補償價之間存在著有失“公正、公平”的問題。那麼，我們就要明確，房屋拆遷評估當然要以市場價來計算，只有這樣，評估才是公平合理的。
