(1)調查詢問、現場勘驗。由違章建築所在地鄉、鎮人民政府組織相關部門、人員進行調查詢問、現場勘驗(筆錄、照片、測繪、相關審批材料、其它違法佔地證據等)，確認是否違法、違規。
(2)責令停止違法行為。對違章建築確認後，由違章建築所在地鄉、鎮人民政府責令停止違法行為，予以公告，限期當事人自行拆除。
(3)由區規建局作出行政處罰決定。根據《中華人民共和國城鄉規劃法》第六十四條“未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設;尚可採取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期改正，處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款;無法採取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以並處建設工程造價百分之十以下的罰款”。由違章建築所在地鄉、鎮人民政府將違章建築相關事由報區建設局，區建設局稽核後，符合行政處罰的，作出行政處罰決定。
