（一）區分本與非罪的界限
主要是區分本罪與工作失誤的界限，因工作失誤往往也會給國家和人民的利益造成重大損失，在這一點上與本罪有相同之處，但兩者有嚴格的區別：
（1）客觀行為特徵不同，工作失誤，行為人是認真履行自己的職責義務；而國家機關工作人員簽訂、履行合同失職罪則表現為行為人不履行或不正確履行自己的職責義務。
（2）導致發生危害結果的原因不同，工作失誤是由於制度不完善，一些具體政策界限不清，管理上存在弊端，以及由於國家工作人員文化水平不高、業務素質較差、缺乏工作經驗，因而計劃不周、措施不當、方法不對，以致在積極工作中發生錯誤，造成國家利益遭受重大損失，而國家機關工作人員簽訂、履行合同失職罪，則是違反工作紀律和規章、嚴重官僚主義、對工作極端不負責任等行為造成國家和人民利益遭受重大損失，在當前經濟改革、對外開放，對內搞活的實踐過程中，出現一些失誤、造成某些嚴重的損失是難免的，這主要是總結經驗教訓的問題，必須與國家機關工作人員簽訂、履行合同失職罪嚴格區別開來，但對於那些在國家法律政策不允許的情況下，藉口改革，盲目決策，管理混亂，給國家和人民的利益造成重大損失的，絕不能以工作失誤來矇混過關，逃避罪責。
（二）區分本罪與簽訂、履行合同失職被騙罪的界限
關鍵在於主體不同，本罪主體僅限於國家機關工作人員；而後罪主體則為國有公司、企業、事業單位中的直接負責的主管人員，對於一些合同和涉外技術轉讓合同，國有土地轉讓合同等必須經過國家有關機關審查批准。國有公司、企業、事業單位在簽訂、履行這些合同過程中如果玩忽職守，而有關主管機關的工作人員在審批過程中亦玩忽職守、嚴重不負責任，致使國家利益遭受重大損失的，則國有公司、企業、事業單位前段時間的主管人員與主管機關的工作人員對此都應承擔玩忽職守、嚴重不負責任行為的刑事責任，但定罪則應根據主體身份的不同特徵分別以本罪與簽訂、履行合同失職被騙罪論處。
（三）認定本罪要注意與對方的行為結合起來加以認定
只有對方出於非法佔有的目的，採取虛構事實或隱瞞事實真相的手段實施了詐騙，且構成合同詐騙犯罪的情況下，本罪才能構成，如果對於不是出於非法佔有的目的，即使有虛構事實或隱瞞真相的手段，後亦因自己的行為造成了國家利益重大損失，但由於對方行為不屬詐騙，因而也不能以本罪論處，因此，本罪的成立要以對方實施合同詐騙的犯罪成立為前提，當然，對方詐騙犯罪成立，並不意味著本罪一定成立，如認真履行了自己的職責，卻被對方詐騙，或者對方雖然詐騙得逞、後又追回了一些損失並未造成重大損失的，就不應以本罪定罪。
