（一）區分罪與非罪的界限
認定徇私舞弊發售發票、抵扣稅款、出口退稅罪與非罪的界限，除認真把握法律對本罪主體、主觀方面、客觀方面的規定外，還要注意查明是否致使國家利益遭受重大損失。只有致使國家利益遭受重大損失的行為，才構成本罪。對於雖違法辦理了發售發票、抵扣稅款、出口退稅，但被及時發現，沒有造成損失的，不以犯罪論處，而應由有關主管部門依法追究其行政責任。
（二）區分本罪與詐騙罪、騙取國家出口退稅款罪、偷稅罪、非法出售增值稅專用發票罪等犯罪的界限
行為人和辦理髮售發票抵扣稅款、出口退稅工作中的徇私舞弊行為，往往會在實際上為他人實施詐騙、騙取國家出口退稅款、偷稅、非法出售增值稅專用發票等犯罪起到幫助作用，因此，必須注意劃清本罪與這些犯罪的界限，其關鍵在於查明行為人主觀上是否與這些犯罪分子具有共同的犯罪故意。如果查明行為人主觀上與詐騙、騙取國家出口退稅款等犯罪分子具有共同犯罪的故意而相互勾結，那麼，其在客觀上所實施的非法辦理髮售發票、抵扣稅款、出口退稅行為就屬於詐騙、騙取國家出口退稅款等犯罪的幫助犯，應當以這些犯罪的共犯定罪處罰，而不再按本罪處罰。
（三）區分本罪與徇私舞弊不徵、少徵稅款罪的界限
徇私舞弊發售發票、抵扣稅款、出口門退稅罪與徇私舞弊不徵、少徵稅款罪相比，在主體、客觀方面均有相同或相似之處，但在客觀及主觀方面上則有明顯的差別。
兩者在客觀方面的區別主要表現為：
其一，兩者雖都發生在稅收徵管領域，但發生的具體階段不同。徇私舞弊不徵、少徵稅款罪往往直接發生在稅務機關的工作人員在徵收稅收的過程中，或者應當履行徵收稅收職責而故意不履行。徇私舞弊發售發票則往往發生在徵收稅收之前，徇私舞弊出口退稅又往往發生在徵收稅收之後。只有抵扣稅款的行為可以發生在徵收過程中。
其二，行為的具體方式不同，徇私舞弊不徵、少徵稅款罪的舞弊方式往往表現為不作為，即行為人為徇私情私利而故意不履行其應當履行的職責，也可以表現為不正確履行其職責。
徇私舞弊發售發票、抵扣稅款、出口退稅罪則往往表現為作為，即行為人為徇私情私利，故意通過其積極的行為去違法發售發票、抵扣稅款或辦理出口退稅。
