是會發生衝突的。在實踐中,可能發生兩種權利衝突的情形,具體是指著作權和商標權都具有合法性,在對兩者未進行協調或者處理的情況下,兩者之間可能出現的對抗。對於這樣的權利衝突,解決的基本原則是“權利在先”原則,即對在先的權利給予保護,而在後的權利可能被認定侵犯在先權利。此處的“在先權利”，即包括了在先成立、生效的著作權。
二、商標權取得的原則是什麼?
1.使用取得原則
使用取得原則是指商標權的獲得的依據是商標在商業活動中被真實使用，註冊只是證明享有商標權的初步證據。該原則認為，商標只有真實地使用，才能發揮商標的功能和作用，無使用的商標無必要給予商標權保護。
2.註冊取得原則
註冊取得原則是指商標權的獲得的依據是商標行政管理部門的核準註冊，未註冊的商標不能享有商標權的保護。註冊取得原則容易誘發商標的惡意註冊，但該原則的優勢在於安全和效率。我國採取的是註冊取得原則，但同時商標立法上也不斷強化對未註冊商標的保護。
三、商標權的法律特徵內容是什麼?
1.專有使用權
商標權人有權在其核定的商品和服務專案上使用其核準註冊的商標，未經商標權人許可，任何人不能在同一種或類似的商品與服務上使用與其註冊商標相同或者近似的商標。
2.商標處分權
商標權人有權按照自己的意志以許可、轉讓、出質和投資等方式處置其註冊商標。
3.使用註冊標記權
商標權人有權在使用註冊商標時標明“註冊商標”字樣或者註冊標記“?”。
4.有效期限
註冊商標的有效期為十年，自核準註冊之日起計算。
商標申請和著作權申請如果是在同一時間發生的，是有可能出現衝突的。如果一旦雙方出現了衝突，需要就實際情況來分析。獲得哪一種權利是更加重要的，並且就需要遵守權利在先的原則，後申請的權力可能會侵犯到優先申請的那項權利。
