1、商業祕密權利人的侵權行為而遭受的損失。這主要是權利人可計算的財產、收入方面的損失。
包括：(1)研製開發成本，如花費的時間、金錢和付出的財力等;
(2)現實利益損失，如生產成本的降低、銷售額的提高、利潤率的增加等;
(3)將來可得利益的合理預期。
2、以侵權人因侵權行為獲得的利潤為賠償額。具體計算方式可以為：銷售量減少的數量乘以每件產品合理利潤的乘積;銷售減少的總數難以計算的，可以侵權人的產品在市場上銷售的總數乘以每件產品的合理利潤的乘積作為損失的賠償額。
3、未能確定權利人的損失或者侵權人所獲利潤的，可參照商業祕密許可使用或者花費的的合理費用來確定。當商業祕密權利人與他人曾簽訂商業祕密許可合同時，可採用此種方法計算賠償額，一般情況下，其許可費用是多少，可推定該數額為賠償數額。當然，在用該方法確定賠償數額時，應當綜合考慮侵權人的性質、情節以及商業祕密許可的性質、範圍、時間等因素，在不低於許可費用至該許可使用費的3倍幅度內確定。法院可以根據權利人的請求及具體的案情，將權利人為進行調查、制止侵權行為、聘請律師費等支付的合理費用計入損害賠償數額中。
4、定額賠償。定額賠償是由人民法院根據案件的具體情況酌情確定的賠償額。在智慧財產權案件中，經常會出現原告的損失和被告的獲利均無法查明的情況，根據《專利法》第六十五條規定：“權利人的損失、侵權人獲得的利益和專利許可使用費均難以確定的，人民法院可以根據專利權的型別、侵權行為的性質和情節等因素，確定給予一萬元以上一百萬元以下的賠償”。
對於商業賠償的計算方法，要考慮侵權行為遭受的損失進行賠償，包括花費的時間和付出的財力，還有對未來的利益進行合理的預期。而且，在審理相關案件的時候，要根據相關的法律進行審批，避免出現錯誤。
