到目前為止，我國沒有對農村房屋拆遷的一個專門法律和規章，僅有國務院頒佈的專門針對城市居民房屋拆遷的行政法規——《城市房屋拆遷管理條例》。對於農村房屋拆遷的土地性質來說，農村房屋拆遷主要是集體土地的房屋拆遷。在適用法律上，農村房屋拆遷的適用法律是《中華人民共和國土地管理法》，房屋拆遷只作為徵地過程中地上附屬物補償的一個部分。
因此，在拆遷主體上，農村房屋拆遷的主體是政府(劃拔土地為直接使用土地的政府部門、出讓土地為土地的管理部門);在安置方式上，農村房屋拆遷目前採用遷建安置、調產安置和貨幣補償三種方式;在補償標準上，農村房屋拆遷的土地性質在於是集體土地，不能進入市場，因而在補償過程中，城市房屋拆遷可以按市場來操作，而農村房屋拆遷只能按實補償(評價按重置價結合成新率進行評價)，另一方面，由於農村有許多房屋都是他們老一輩人在此地建築的房屋，沒有房屋產權證，因此，當房屋拆遷時，沒有相應和直接的法律和規章作為後盾，給農村房屋拆遷工作增加了難度，也讓農民保障自身利益沒有法律武器。
對政府有關單位與開發商的口頭承諾較易相信，沒有簽定任何安置補償協議，一旦農民的房屋被拆遷後就將農民的利益置之度外。
2、補償範圍較窄。
(1)我國房屋拆遷補償基本上限於財產權補償，而財產權的補償中也只限於對直接損失的補償，而事實上，被拆遷人在取得房屋所有權時，已經支付了相應的土地使用費，而在他們的房屋被拆遷後，這部分費用卻未完全納入補償範圍。
(2)農民在拆遷過程中不僅失了房屋，而且他們的生活，工作都受到了不同程度的損害。有的村民要另尋生存地點，使其生活和就業的成本增加。
(3)許多村民的房屋被拆遷後，由於拆遷導致的一系列不利後果，必然給村民帶來精神上的痛苦和創傷，對此應給予一定的金錢安撫，而現在的補償法律法規中卻沒有此項規定。
3、補償安置不到位與不合理。
(1)例如政府要對土地實行徵用，要拆遷農民房屋,稱安置房屋還沒有建設好，讓農民自行安置到外村的地方租房晢住，許諾安置房屋建設好就馬上遷入。但政府有關部門和開發商讓農民遷出後就不兌現諾言了。
另一方面，雖然將農民拆遷戶安置好房屋，但是沒有得到有關養老保險與醫療保障，只是作一次性補償，沒有為農民日後的生活提供必須的安排，由於農民不能再耕作和搞些農村副業，使農民基本生活得不到提高，反而比前更差。
更有甚的是，由於拆遷單位的資金缺乏有效監督或因資金不足，使農民的補償資金不能及時到位，給農民帶來很大的困難，生活來源中斷，連最低生活保障也難以落實。同時農民因房屋拆遷帶來許多不便和生活損失，如子女入學問題，生活成本增加(交通，管理費，就醫等)，都困擾著農民被拆遷戶。
(2)脫離“以人為本”的原則。在房屋安置補償過程中，通過對實地調查和當地有關部門關於農村房屋拆遷的規範性檔案進行了解與分析，可從中發現，在農村房屋拆遷補償上，普遍存在著一種過分地看重硬性標準的傾向，實際工作中嚴重脫離“以人為本”的原則，取而代之的是“以硬體為本”。如在住房安置上，根據農民是否擁有本地戶籍或家庭中擁有戶口的人數來確定安置房屋的面積，同時結合原住房面積的大小來折算，如一戶人，有五口人，家中只有3人擁有當地戶口，而該家庭居住面積是90平方米，而根據相關比例折算只能安置到面積50平方米的房屋居住。如果沒有當地村民戶籍的則可能得不到補償。至於對拆遷房屋中弱勢群體(老人，殘疾等)，則只是統一給予安排，領取到政府給予的最低生活保障金，採用一刀切方法，有悖於為人民服務的宗旨。
4、補償費用和標準偏低。
政府直接規定拆遷的補償費用和標準，未進行房產評估，不與被拆遷戶進行協商，或進行協商沒達成補償協議的情況下，只向拆遷戶作最後的“通牒”，不容商量。
以上的這些問題是各地在農村拆遷工作過程當中普遍遇到的，所以在某種程度上，農村的村民們抵制甚至反感政府部門的拆遷工作也是情有可原的。不僅是農村，就是很多城鎮居民在對政府制定的拆遷補償方案提出爭議的情況下，維權的時候，也會覺得以個人的力量對抗政府行政單位太過於困難。
