民法通則第121條也將國家機關及其工作人員執行職務過程中的侵權行為規定為一種特殊的民事侵權行為，確立了國家的民事賠償責任。在國家賠償法實施以前，國家賠償都是按照民事賠償的標準和程式處理的。民事賠償是一方當事人因侵權行為而向遭受損害的另一方當事人承擔的賠償責任。世界各國行政賠償制度的早期階段都借鑑民事賠償理論，適用民事賠償的程式。因此，民事賠償與行政賠償之間存在著密切的聯絡。但是，兩者之間也存在著一些區別，表現在:
1.主體不同。
行政賠償是國家向公民個人承擔的賠償責任，形成的是國家與公民之間的法律關係;而民事賠償責任是公民個人向公民個人承擔的賠償責任，形成的是公民與公民之間的法律關係。
2.原因不同。
行政賠償的原因所行政侵權行為，而民事賠償的原因是民事侵權行為。行政侵權行為所行政機關及其工作人員在行使職權過程中實施的侵害公民合法權益的行為，是國家權力的作用;而民事侵權行為既沒有“行政機關及其工作人員”這一主體方面的限制，也沒有“行使職權過程中”這一限制。
3.範圍不同。
民事賠償的範圍大於行政賠償的範圍。行政賠償的原因行為、損害的範圍由國家賠償法作了限制，國家並不對所有的侵權行為都承擔賠償責任，也不對行政侵權行為所造成的所有損害都要賠償，而只賠償行政侵權行為對人身權和財產權造成的最低限度的直接損害。與此不同，民事賠償存在於所有的民事侵權行為，民事侵權行為人不但要全額賠償給受害人的各種合法權益造成的直接損害，而且要賠償一定的可得利益的損失即賠償間接損失。
4.歸責原則不同。
民事賠償責任的歸責原則以過錯責任原則為主、危險責任原則為輔，而行政賠償責任的歸責原則多種多樣，有的國家實行過錯責任原則，有的國家實行公務過錯責任原則，有的國家實行違法原則。
5.程式不同。
解決民事賠償糾紛的程式是仲裁、民事訴訟，而解決行政賠償爭議的程式是行政處理程式、行政複議程式和行政訴訟程式。
6.依據不同。
行政賠償是公法上的法律責任，其法律依據是行政訴訟法、國家賠償法等公法法律規範;而民事賠償是私法上的法律責任，其依據是民法通則等私法規範。
