國家賠償是從民事賠償發展而來的，因此兩者有許多共通之處。但是，國家賠償是獨立於民事賠償的自成體系的法律制度，兩者的區別可概括為：
1.賠償發生的原因不同。
國家賠償由國家侵權行為引起;而民事賠償由民事侵權行為引起。(《民法典》規定的公務侵權與國家公權力的行使有關，公務侵權的民事責任實際適用《國家賠償法》的規定。)
2.賠償主體不同。
國家賠償的主體是抽象的國家，具體的賠償義務由國家賠償法規定的賠償義務機關履行。賠償主體與賠償義務人相互分離。而民事賠償的主體通常是具體的民事違法行為人，賠償主體與賠償義務人相一致。
3.賠償的歸責原則不同。
國家賠償的歸責原則是違法原則，而民事賠償的歸責原則體系由過錯責任原則、無過錯責任原則、公平責任原則構成。
4.賠償程式不同。
國家賠償的程式較民事賠償更為複雜，其區別在於：首先，在提起國家賠償訴訟之前，除在行政訴訟中一併提起賠償外，請求人應先向賠償義務機關提出賠償請求，即實行賠償義務機關決定前置原則，不經該決定程式，法院不予受理，而在民事賠償程式中，受害人可以直接向法院提起賠償請求，無須經過前置程式。其次，證據規則不同。國家賠償一般實行“初步證明”規則，即賠償請求人首先要證明損害已經發生，並且該損害是由國家機關及其工作人員的違法行為所引起，繼而，證明責任轉移到被告，而在民事賠償訴訟程式中則實行“誰主張、誰舉證”的證據規則。
