不會的，自訴案件和解後原告撤回起訴，案件沒有經過法院實體審判，不會被判刑，也就不會留有案底。而對於犯罪情節輕微，不需要判處刑罰，達成和解協議的案件，檢察院可以作出不起訴的決定。那就不用經過法院的審判，自然也就不會被判刑，不會留有案底。
法律依據：《中華人民共和國刑事訴訟法》 第二百八十八條
下列公訴案件，犯罪嫌疑人、被告人真誠悔罪，通過向被害人賠償損失、賠禮道歉等方式獲得被害人諒解，被害人自願和解的，雙方當事人可以和解：(一)因民間糾紛引起，涉嫌刑法分則第四章、第五章規定的犯罪案件，可能判處三年有期徒刑以下刑罰的;(二)除瀆職犯罪以外的可能判處七年有期徒刑以下刑罰的過失犯罪案件。犯罪嫌疑人、被告人在五年以內曾經故意犯罪的，不適用本章規定的程式。
