一、存疑不起訴後如何重新起訴?
存疑不起訴後需要重新起訴的必須要確定掌握了他人犯罪的證據。作為公安、檢察機關也不應忽視客觀存在的社會對存疑不起訴人的消極評價，為保障其權利，應加大對存疑不起訴案件的補查力度，儘量縮短查清案件的時間，早日給存疑不起訴人一個有罪無罪的明確結論。對此，有學者提出公訴時效的概念，即對存疑不起訴後再起訴權的行使規定一個合理的期限，從檢察機關不起訴決定宣佈之日起計算，在該期限內，檢察機關對被不起訴人未能提起公訴的，不再保留公訴權。
二、存疑不起訴必須退補嗎
我國刑事訴訟法第一百四十條規定，人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對於補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴的決定。這就意味著對公安機關或檢察院偵查部門移送起訴的案件，檢察機關經過審查認為證據不足，不符合起訴條件，擬作出不起訴決定前，必須退回公安機關或檢察院偵查部門補充偵查。只有將案件退回補充偵查後，仍認為證據不足，不符合起訴條件，經院檢察委員會討論決定，才能作出不起訴決定。筆者認為，作出存疑不起訴決定前設定退回補充偵查的前置程式不妥。其理由是：
第一，不符合現代訴訟原理。退回補充偵查的目的是試圖通過在立法上強制設立退回補充偵查的手段，對擬存疑不起訴的案件進一步收集有罪證據，儘可能對移送起訴的犯罪嫌疑人定罪起訴，避免或減少存疑不起訴決定的作出。體現了“疑罪從有”、“疑罪從掛”的思想。這不符合現代刑事訴訟原理，也不利於保障犯罪嫌疑人的合法權益。
第二，不符合訴訟時效原則。訴訟時效原則要求刑事訴訟程式的設定要儘可能簡便。減少訴訟程式，提高訴訟效率，可以降低司法資源的耗費，也可以使刑事訴訟中的犯罪嫌疑人、被告人早日擺脫或減少訴累。對擬作出不起訴決定前，沒有必要設定退回補充偵查的前置程式，應由承辦案件的主訴檢察官根據案件的實際情況，作出是否退回補充偵查的決定。
第三，有的案件沒有退回補充偵查的必要。
一是有的案件在移送起訴時就已經可以確定定案證據不足，而且明顯無新的證據可查，特別是在證據已經滅失、證人死亡或去向不明等情況下，退回補充偵查也無濟於事。司法實踐中就有部分退回補充偵查的案件並沒有補充到任何新的證據，這種情況下的退回補充偵查是徒勞無益的。
二是退回補充偵查的目的可以通過自行補充偵查得以實現。檢察機關可以自行開展補充偵查，達到退回補充偵查同樣的效果;而且，檢察機關自行補充偵查還更具有針對性，還可能取得比退回補充偵查更好的效果，有利於準確作出存疑不起訴決定。
第四，已有足夠的監督制約程式保障存疑不起訴案件的質量。存疑不起訴案件作出決定前要退回補充偵查，其目的是保障存疑不起訴案件的質量，防止輕易作出決定，放縱真正的犯罪分子。但是，刑事訴訟法已經設定了相對較全的程式保障存疑不起訴案件的質量。
一是存疑不起訴決定的作出要經過檢察院內部最高決策機構——檢察委員會集體討論決定;
二是對公安機關移送起訴的案件，存疑不起訴決定還要接受同級公安機關的制約，公安機關認為檢察機關不起訴決定有錯誤，可以要求複議或複核。
三是設有提起公訴的救濟程式，檢察機關在作出存疑不起訴決定後，如果發現案件有新的證據，符合起訴條件的，還可以對存疑不起訴的被不起訴人提起公訴，可以避免打擊不力。 綜上所述，筆者認為，對證據不足，不能確定犯罪嫌疑人構成犯罪和需要追究刑事責任不符合起訴條件的案件，在審查起訴期間無法查證屬實的，不必都要退回補充偵查才作出存疑不起訴決定。
檢察院在審查刑事案件時，若是發現了案件的疑點，並且該疑點的存在，可能會導致案件在最終的審理時並不能處罰該犯罪主體，此時就是不可以起訴的，而是需要將案件重新交給公安機關繼續偵查，若是偵查的難度不大，也可以自行偵查。
