一、檢察院存疑不起訴後如何處理?
存疑不起訴後應該釋放當事人，人民檢察院決定不起訴的案件，應當同時對偵查中查封、扣押、凍結的財物解除查封、扣押、凍結。對被不起訴人需要給予行政處罰、行政處分或者需要沒收其違法所得的，人民檢察院應當提出檢察意見，移送有關主管機關處理。有關主管機關應當將處理結果及時通知人民檢察院。
《刑事訴訟法》
第一百七十四條：不起訴的決定，應當公開宣佈，並且將不起訴決定書送達被不起訴人和他的所在單位。如果被不起訴人在押，應當立即釋放。
第一百七十五條：對於公安機關移送起訴的案件，人民檢察院決定不起訴的，應當將不起訴決定書送達公安機關。公安機關認為不起訴的決定有錯誤的時候，可以要求複議，如果意見不被接受，可以向上一級人民檢察院提請複核。
第一百七十六條：對於有被害人的案件，決定不起訴的，人民檢察院應當將不起訴決定書送達被害人。被害人如果不服，可以自收到決定書後七日以內向上一級人民檢察院申訴，請求提起公訴。人民檢察院應當將複查決定告知被害人。對人民檢察院維持不起訴決定的，被害人可以向人民法院起訴。被害人也可以不經申訴，直接向人民法院起訴。人民法院受理案件後，人民檢察院應當將有關案件材料移送人民法院。
二、存疑不起訴的情形
(1)案件已經經過了補充偵查。這是對案件已經經過補充偵查，仍作不起訴決定的時機控制，也是作該決定的程式條件。一般而言，未進一步收集證據就認為不符合起訴條件。
(2)證據不足，不符合起訴條件的。這是指證據不足以充分證明犯罪嫌疑人的罪行，以至於即使提起公訴，法院經過開庭審理，也很可能會宣告被告人無罪。
人民檢察院對此種情形下的犯罪嫌疑人作出不起訴決定的，必須同時具備上述兩個條件。
根據最高人民檢察院《規則》第286條的規定，具有下列情形之一，不能確定犯罪嫌疑人構成犯罪和需要追究刑事責任的，屬於證據不足，不符合起訴條件：
(1)據以定罪的證據存在疑問，無法查證屬實的;
(2)犯罪構成要件事實缺乏必要的證據予以證明的;
(3)據以定罪的證據之間的矛盾不能合理排除的;
(4)根據證據得出的結論具有其他可能性的。
存疑不起訴之後公安機關仍然可以就當前的刑事案件繼續偵查工作，但是，這時候已經沒有權利繼續關押犯罪嫌疑人了，當然了，像是存疑不起訴的這種決定也必須要公開宣告，但對於存疑不起訴是否可以申請國家賠償的這個問題規定的比較模糊。
