1、兩者發生的基礎不同。國家賠償由國家機關及其工作人員的違法行為引起，以違法為前提;國家補償由國家的合法行為引起，不以違法為前提。
2、兩者性質不同。國家補償的根本屬性在於國家對特定受害的公民法人或者其他組織損失的填補，旨在求得因公共利益而遭受特別損失的公民、法人或者其他組織提供補救，以體現其與普通公眾間的利益平衡，並不意味著任何對國家的非難。這可以說是兩者最主要的區別。
3、時間要求不同。國家賠償責任的前提條件是損害的實際發生，即先有損害，後有賠償;而國家補償即可以在損害發生之前進行，也可以在損害發生之後進行。
4、兩者承擔責任的方式不同。國家賠償責任以金錢賠償為原則，以恢復原狀，返還財產等方式為輔;國家補償責任多為支付一定數額的金錢。
5、工作人員的責任不同。國家賠償制度中有追償制度。在國家賠償了受害人的損失以後要向有故意或重大過失的作出違法行為的國家機關工作人員追償，但是國家補償制度中沒有追償制度。
國家賠償的概念：
國家賠償是指國家機關及其工作人員因行使職權給公民、法人及其他組織的人身權或財產權造成損害，依法應給予的賠償。國家賠償由侵權的國家機關履行賠償義務。根據1995年1月1日起施行的《中華人民共和國國家賠償法》的規定，國家賠償一般包括行政賠償、刑事賠償和司法賠償。
國家補償的概念：
國家補償是國家機關工作人員在行使職權過程中，因其合法行為給公民、法人或者其他組織造成的損失，國家對其給予彌補的制度。國家補償責任在國家賠償責任之前就已經存在。
國家補償和國家賠償兩者一個是國家對於公務人員在工作時受到傷害時的相關補償，而國家賠償是對於被公權力侵犯了自身的人身權或者財產權的迫害而進行的補償，兩者雖然只差一個字，但是所涉及到的內容、原因、方式多有非常大的不同。
