勞動合同規定病假扣款顯然是不合法的，病假期間是可以享受規定待遇的，職工患病或非因工負傷治療期間，在規定的醫療期間內由企業按有關規定支付其病假工資或疾病救濟費，病假工資或疾病救濟費可以低於當地最低工資標準支付，但不能低於最低工資標準的80%。
除《勞動法》第二十五條規定的情形外，勞動者在醫療期、孕期、產期和哺乳期內，勞動，勞動合同期限屆滿時，用人單位不得終止勞動合同。勞動合同的期限應自動延續至醫療期、孕期、產期和哺乳期期滿為止。請長病假的職工在醫療期滿後，能從事原工作的，可以繼續履行勞動合同;醫療期滿後仍不能從事原工作也不能從事由單位另行安排的工作的，由勞動鑑定委員會參照工傷與職業病致殘程度鑑定標準進行勞動能力鑑定。
二、連續病假工資的計算係數
1、職工疾病或非因工負傷連續休假在6個月以內的病假工資(又稱疾病休假工資)是按照連續工齡分別確定的：
(1)連續工齡不滿兩年者，病假工資為本人工資的60%;
(2)連續工齡滿兩年不滿四年者，病假工資為本人工資的70%;
(3)連續工齡滿四年不滿六年者，病假工資為本人工資的80%;
(4)連續工齡滿六年不滿八年者，病假工資為本人工資的90%;
(5)連續工齡滿八年及八年以上者，病假工資為本人工資的100%。
2、職工疾病或非因工負傷連續休假超過6個月的病假工資(又稱疾病救濟費)也是按照連續工齡分別確定的：
(1)連續工齡不滿一年者，疾病救濟費為本人工資的40%;
(2)連續工齡滿一年不滿三年者，疾病救濟費為本人工資的50%;
(3)連續工齡滿三年及三年以上者，疾病救濟費為本人工資的60%。
對於勞動合同中約定的相關條款是需要基於雙方協商的情況來進行處理的，不同的合同條款所認定的條件是不同，但用人單位是不得隨意剋扣工資待遇的，這是屬於用人單位違法的行為，是需要追究有關法律責任的。
