衝突，如果指的是是否可以同時參保，那二者不衝突，您可以同時參保新農合和工傷險;如果指的是是否可以同時使用，那二者衝突，新農合與工傷險不能同時使用(即報銷)。費用補償型醫療保險的給付金額不得超過被保險人實際發生的醫療費用金額。醫療費用並不能重複報銷，只能報銷一次，這是為了防止被保險人利用保險獲取不當利益。
費用補償型醫療保險的給付金額不得超過被保險人實際發生的醫療費用金額。根據該規定，費用補償型醫療保險應遵循補償原則，不論被保險人其財產或者人身受保險合同保障，享有保險金請求權的人。
而且，工傷事故是不能使用新農合醫療進行報銷的。下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍：
1、應當從工傷保險基金中支付的;
2、應當由第三人負擔的;
3、應當由公共衛生負擔的;
4、在境外就醫的。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三人追償。
職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。
符合基本醫療保險藥品目錄、診療專案、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
新型農村合作醫療，簡稱“新農合”，是指由政府組織、引導、支援，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。採取個人繳費、集體扶持和政府資助的方式籌集資金。
工傷保險，是指勞動者在工作中或在規定的特殊情況下，遭受意外傷害或患職業病導致暫時或永久喪失勞動能力以及死亡時，勞動者或其遺屬從國家和社會獲得物質幫助的一種社會保險制度。工傷保險的認定勞動者因工負傷或職業病暫時失去勞動能力，工傷不管什麼原因，責任在個人或在企業，都享有社會保險待遇，即補償不究過失原則。
從“新農合”與“工傷保險”的闡述可以看出，農村合作醫療保險是針對農村戶籍沒有參加社保，在同一戶口簿都要求參加農村合作醫療保險的群體。而工傷保險是勞動者因工受傷，短暫或永久喪失勞動力的補償，其補償者除本人外，還包括遺屬。醫療報銷是補償制，採用填平原則，就是說在一次醫療花費總的報銷額度不能超過實際花費。而工傷保險不採用填平原則，是為確保職工在因工受傷期間生活有所保障的補償措施，其報銷範圍：住院伙食補助費;外地就醫的交通、食宿費用;停工留薪期的工資福利待遇;停工留薪期的生活護理;傷殘津貼;一次性工傷醫療補助金和傷殘就業補助金。
工傷保險的報銷範圍和補償金都是大於新農合的，而我國雖有各種的險類可以一起參保使用，但醫療費不能重複報銷。
需要注意的是，在我國保險的報銷的規定中，投保了幾份醫療保險，醫療費用只能報銷一次，這樣可以防止道德風險的發生，防止被保險人因保險而獲取不當利益。因此，若投保了費用補償型醫療保險，醫療費用並不能重複報銷。
