(一)辦理事務的範圍不同。在我國行紀業務主要包括辦理購銷貨物、寄售商品和有價證券的買賣等業務，行紀行為屬於動產和有價證券買賣等商事行為。居間的業務範圍較廣，除禁止交易的事項以及國家管理的未允許放開市場經營的重要生產資料和部分生活資料以外，均可以進行居間服務。關於婚姻中介，婚姻關係不能簡單地理解為一種合同關係，因而婚姻介紹不屬於居間的業務範圍，應由相應的進行調整。
(二)合同的標的不同。所謂標的即合同的權利，義務所指向的物件。行紀合同中行紀人為委託人提供的服務不是一般的勞務，而是行紀人與第三人發生法律關係，為一定的法律行為，該法律行為的實施是委託人與行紀人訂立行紀合同的目的所在，故行紀合同的標的是行紀人為委託人進行一定的法律行為。居間合同的標的是居間人為委託人進行一定的事實行為，居間人為委託人提供特定的勞務即報告訂約機會或提供訂立合同的媒介服務，居間人所辦理的事務本身並不具有法律意義，而行紀合同中行紀人受託的事務是法律行為，這正是行紀合同與居間合同本質上的區別。
(三)與第三人的關係不同。行紀人與第三人的合同關係相對於行紀合同本身來說是外部法律關係，根據合同的相對性規則，行紀人與第三人的合同關係只能發生在特定的合同當事人之間，即發生在行紀人和第三人之間。居間合同中，無論是指示居間還是媒介居間，居間人並不參與委託人與第三人的合同關係，其在交易中僅是一箇中介人，既不為交易的當事人一方或其代理人，也不直接參與交易雙方的談判，在決定交易雙方的權利義務內容上並不體現居間人的意見，合同的權利義務在委託人與第三人之間設定、產生。
(四)“介入”不同。行紀人在一定條件下有介入權，居間人在特定情形下承擔介入義務。行紀人接受委託買賣有市場定價的商品時，除委託人有反對的意思表示外，行紀人自己可以作為出賣人或買受人的權利。行紀人的介入權是法律規定的結果，是一種形成權，使委託人和行紀人之間產生了。在媒介居間中如果委託人一方或雙方指定居間人不得將其姓名、商號、名稱告知對方，居間人根據誠實信用原則有保密義務，由此居間人產生為委託人隱名的義務，這種居間稱為隱名居間。在隱名居間這種情形下，對於委託人依據與相對人的合同應承擔的義務，在一定條件下由居間人以履行輔助人的身份負履行義務，並領受對方當事人所為的給付。因此，只有在保護隱名委託人利益的前提下才有居間人的介入義務，而不存在居間人基於特定情形主張介入的權利。
行紀合同和居間合同兩者之間是屬於完全不同性質的合同，居間合同一般主要針對的是一些貿易性的業務，比如說寄售或者是購銷貨物，而居間合同的業務是非常廣泛的，除了一些禁止交易的事項以外，一般來說都是可以進行的。
