門店轉讓糾紛實質為房屋租賃合同糾紛的一種，發生租賃合同糾紛一般需要先看合同是否有對相關的爭議進行約定，沒有約定的則需要依據法律規定進行處理。一般的門店轉讓爭議可以按如下方式處理：
1.門店轉租人不具有轉租權而對外轉租的、門店房東有權主張解除租賃合同或認定轉租合同無效，門店受讓人受到的損失可向門店轉租人主張；
2.門店租賃協議約定租賃期限超出法律規定，法律規定租賃合同期限不得超過20年，超過期限的部分無效；
3.門店租賃合同期滿後對裝飾裝修物的處理，首先根據門店租賃協議的約定進行處理；若協議未約定的，由當事人雙方進行協商，若無法協商的，將根據具體情況來判斷：如承租人未經出租人同意進行裝飾裝修或擴建發生的費用，由承租人承擔，出租人可以請求承租人恢復原狀或賠償損失。
法律依據：
《民法典》第七百零五條，租賃期限不得超過二十年。超過二十年的，超過部分無效。
租賃期限屆滿，當事人可以續訂租賃合同；但是，約定的租賃期限自續訂之日起不得超過二十年。
第七百一十一條，承租人未按照約定的方法或者未根據租賃物的性質使用租賃物，致使租賃物受到損失的，出租人可以解除合同並請求賠償損失。
第七百一十五條，承租人經出租人同意，可以對租賃物進行改善或者增設他物。
承租人未經出租人同意，對租賃物進行改善或者增設他物的，出租人可以請求承租人恢復原狀或者賠償損失。
第七百一十六條，承租人經出租人同意，可以將租賃物轉租給第三人。承租人轉租的，承租人與出租人之間的租賃合同繼續有效；第三人造成租賃物損失的，承租人應當賠償損失。
承租人未經出租人同意轉租的，出租人可以解除合同。
