黑白合同更多地是從行政管理角度，著眼合同是否經過法定的登記、備案程式進行的定義，一旦因此發生民事糾紛，則必然涉及對其效力問題的判斷。在筆者最近代理的一起訴訟案件中，黑白合同的效力問題就成了案件焦點。當事人先簽訂一份反映其真實意思的股權轉讓合同，即黑合同;在辦理股權變更登記時又臨時簽訂了一份內容簡單的股權轉讓合同，即白合同，其中約定價款遠低於真實意思表示。之後，由於新股東無法兌現發展公司的承諾，原股東提出解除股權轉讓合同，並要求賠償損失。在訴訟中，對於白合同的評價成了原告的難題，如果說白合同有效，則其中價款無法接受;如果說白合同無效，則已完成的股權轉讓行為欠缺合法的合同依據。另外，白合同中不僅價款與真實意思不一致，其套用的模板中還無意地約定了仲裁條款，這樣一來，法院管轄也成了問題。因為即便白合同無效，仲裁條款作為解決爭議的條款，也會獨立出來適用。
股權轉讓中黑白合同現象的普遍存在是不能迴避的現實。就當事人之間的民事爭議來說，法院應判斷雙方真實意思，以此處理民事法律關係糾紛;對於相關行政責任，比如補交稅款以致行政處罰，由行政機關進行追究，法院在審理股權轉讓糾紛過程中發現了行政違法行為，可向相關行政機關發出司法建議。
其實黑白合同並非規範的法律術語，相較而言，似乎其中的白合同的名稱更易被接受。有觀點認為，白合同經過國家行政機關登記或備案，經過公證、登記的書證，其證明力一般大於其他書證、視聽資料和證人證言;因此，白合同效力更高;從形成時間來看，往往載明真實意思的黑合同訂立時間在前，登記備案的白合同訂立時間在後，由此會有一種說法，形成在後的合同對之前合同條款進行了變更。
在黑白合同同樣常見的建築工程招投標領域，《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》規定：“當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。”該司法解釋實際強調了白合同的法律效力。
綜上，是否可以說白合同有效而黑合同無效，或者說白合同效力優於黑合同?結論並非如此。
合同效力並非證據的證明力，根據合同法理論，合同的效力包括有效、無效和效力待定等型別，並未區分效力的強弱。
黑白合同共同存在，其中哪一份是真實意思的表示，在實踐中往往一目瞭然，即便白合同訂立在後，但實際履行的卻是黑合同，因此，並不能因為訂立時間有先後而牽強地說成是合同內容的變更。
《民法典》第一百四十六條 【虛假表示與隱藏行為的效力】行為人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行為無效。
以虛假的意思表示隱藏的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。
第一百四十七條 【基於重大誤解實施的民事法律行為的效力】基於重大誤解實施的民事法律行為，行為人有權請求人民法院或者仲裁機構予以撤銷。
第一百四十八條【以欺詐手段實施的民事法律行為的效力】一方以欺詐手段，使對方在違背真實意思的情況下實施的民事法律行為，受欺詐方有權請求人民法院或者仲裁機構予以撤銷。
第一百四十九條【受第三人欺詐的民事法律行為的效力】第三人實施欺詐行為，使一方在違背真實意思的情況下實施的民事法律行為，對方知道或者應當知道該欺詐行為的，受欺詐方有權請求人民法院或者仲裁機構予以撤銷。
第一百五十條【以脅迫手段實施的民事法律行為的效力】一方或者第三人以脅迫手段，使對方在違背真實意思的情況下實施的民事法律行為，受脅迫方有權請求人民法院或者仲裁機構予以撤銷。
涉及到黑白合同或者是陰陽合同之間的問題，首先雙方在簽署合同的時候，就應該實行進行約定好怎樣解訣發生矛盾糾紛，一般黑合同很有可能會被視為無效合同，但是如果雙方在簽署黑格同時是屬於正規有效的方式進行簽訂的話，也有可能會被認定為有效合同。
