區別：
分支機構主要有兩種形式：一種為分公司;一種為辦事處。分公司可以從事經營活動，而辦事處一般只能從事總公司營業範圍內的業務聯絡活動。辦事處、代表處是不能申請領取營業執照的，是不具有經營資格的，不能以自己的名義簽訂商業貿易合同進行營利性的貿易、投資活動，否則其簽訂的營利性協議是無效的。其職責僅僅是聯絡、瞭解分析市場行情、參與商務談判。分公司、辦事處稅收待遇不同，主要體現在企業所得稅和流轉稅上。
從企業所得稅看，辦事處由於不能從事經營活動，沒有業務收入，不存在利潤，也就沒有應納稅所得額，無需繳納企業所得稅;對於分公司而言，企業所得稅可以在分公司所在地稅務機關繳納，也可以彙總後由總公司集中繳納。對於由總公司彙總繳納的，由總公司所在地國稅局開具企業所得稅已在總機構彙總繳納的證明，分公司憑此證明到所在地國稅局辦理相關手續。一般來說，彙總納稅優於獨立納稅，因為總公司和分公司的盈、虧可以相互彌補。
從增值稅上看，辦事處由於不從事經營活動，所以在當地無需繳納增值稅;而分公司的經營活動必須在當地繳納增值稅。
《中華人民共和國公司登記管理條例》第四十五條
《公司法》第十四條
