一、子公司與分公司的納稅區別：
子公司必須獨立核算，獨立申報納稅。?分公司不是獨立法人，可以不獨立核算，所得稅可以在總公司合併彙算清繳。
《企業所得稅法》第五十條規定：“居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當彙總計算並繳納企業所得稅。”我國從2008年起開始實行法人所得稅制度，強調法人企業或組織為企業所得稅的納稅人，而非獨立核算的分支機構將自動彙總到公司總部繳納企業所得稅，企業在設立分支機構時，因此需要謹慎選擇。
二、分公司與子公司的權衡
《公司法》第十四條規定：“子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任;分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。”企業設立分支機構，使其不具有法人資格，且不實行獨立核算，則可由總公司彙總繳納企業所得稅。這樣可以實現總公司調節盈虧，合理減輕企業所得稅的負擔。
當然，在設定分支機構時有三個因素應當綜合考慮：
首先，是分支機構的盈虧情況，當總公司盈利，新設定的分支機構可能出現虧損時，應當選擇總分公司模式。根據稅法規定，分公司是非獨立納稅人，其虧損可以由總公司的利潤彌補;如果設立子公司，子公司是獨立納稅人，其虧損只能由以後年度實現的利潤彌補，且總公司不能彌補子公司的虧損，也不得衝減對子公司投資的投資成本。
當總機構虧損，新設定的分支機構可能盈利時，應當選擇母子公司模式;子公司不需要承擔母公司的虧損，可以自我積累資金求得發展，總公司可以把其效益好的資產轉移給子公司，把不良資產處理掉。
其次，是享受稅收優惠的情況，按照稅法規定，當總機構享受稅收優惠而分支機構不享受優惠時，可以選擇總分公司模式，使分支機構也享受稅收優惠待遇。如果分公司所在地有稅收優惠政策，則當分公司開始盈利後，可以變更註冊分公司為子公司，享受當地的稅收優惠政策，這樣會收到較好的納稅效果。
再次，是分支機構的利潤分配形式及風險責任問題，分支機構由於不具有獨立法人資格，所以不利於進行獨立的利潤分配。同時，分支機構如果有風險及相關法律責任，可能會牽連到總公司，而子公司則沒有這種擔憂。
我國的相關公司在經濟市場上進行運作的，需要對公司的稅收進行相關的繳納。分公司和子公司在繳納這類稅收時，子公司屬於法人性質需要單獨核算，而分公司就不需要了。相關的公司按照我國的法律進行相應的辦理。
