一、分公司合併納稅申請流程是怎樣的
(一)申請
納稅人攜帶資料向主管稅務機關辦稅服務大廳提出申請。申請資料如下：
1、分支機構稅務登記證影印件;
2、總機構稅務登記影印件;
3、《非獨立核算分支機構合併申報認定表》。
(二)稽核
稅務機關稽核提出合併申報申請的企業是否為非獨立核算分支機構，稽核被合併申報企業是否存在於進行合併申報企業的分支機構名單中，檢查其分支機構與總機構的核算方式，賬務往來，賬簿設立情況是否符合查賬徵收合併申報的要求。符合條件的予以辦理。
(三)生效取件
納稅人在稅務機關承諾的期限後，到受理視窗領取審批結果。
二、分公司可以合併納稅嗎
新的所得稅法是按法人交納所得稅的，分公司不是法人，不能獨立納稅。合併納稅實際上是一種稅務優惠。對外國公司、企業在中國境內設有兩個及兩個以上營業機構的，可以合併申報納稅。但選定的負責合併申報的機構必須具備兩個條件:對其他各營業機構負有監督管理責任，設有完整的賬冊、憑證，能夠正確反映各營業機構的收人、成本、費用和盈虧情況;
三、分公司和子公司的區別在哪裡
1.設立方式不同
子公司一般是由包括公司在內的兩個以上股東按照《公司法》的規定設立，註冊應當符合《公司法》對設立條件及投資方式的規定，併到工商部門領取《企業法人營業執照》，子公司的名稱最後一般是某某有限責任公司或某某股份有限公司。
公司設立分支機構，一般是由總公司在其住所地之外向當地工商機關提出設立申請，領取《營業執照》，分公司的名稱最後都是某某分公司。
2.法律地位不同
子公司具有法人資格，擁有獨立的名稱、公司章程和組織機構，對外以自己的名義從事經營活動，並可以在其自身經營範圍內獨立開展各種業務活動、從事各類民事活動，獨立承擔公司行為所帶來的一切後果和責任。但涉及公司利益的重大決策或重大人事安排，仍須由母公司決定。
分公司是由總公司在其住所地之外向當地工商部門提請設立的，其屬於總公司的分支機構，不具有法人資格，無獨立的名稱、公司章程和組織機構，雖可以獨立開展業務活動，但必須以總公司分支機構的名義從事經營活動，且只能在公司授權範圍內進行。
3.受控制方式不同
母公司對子公司一般不直接控制，多采用間接控制方式，即通過做出投資決策以及任免子公司董事會成員來影響子公司的生產經營活動。
分公司則不然，其財產、業務、人事受總公司直接控制，並只能在總公司的經營範圍內從事經營活動。
4.承擔債務責任方式不同
子公司具有法人資格，其以自身全部財產為其經營活動中產生的債務承擔責任。
分公司不僅無獨立財產，且在財務上須與總公司統一核算，分公司在經營活動中產生的債務，總公司必須以其全部財產為限承擔清償責任。
5.訴訟中的法律效果不同
我國法人制度的基本精神是法人僅以其自身財產承擔民事責任，因子公司是獨立法人，故子公司只須以其自身資產為限承擔民事責任，除出資人(即子公司的各股東)出資不實或出資後抽逃資金外，無法清償的部分出資人無須另行承擔。
分公司不是獨立法人，業務開展過程中出現不能履行債務的情形時，債權人可以要求總公司承擔清償義務，在訴訟中可直接以總公司為被告要求其承擔責任。
綜上所述，根據最新法律規定，分公司沒有法人代表，不能進行稅費的繳納，所以只能進行合併繳稅。應當注意的是分公司與子公司不是同一概念，分公司與子公司在設立方式、法律地位、受控制方式、承擔債務責任方式、法律效果這五個方面不同，
