有以下幾點區別：
1、合併方式不同：企業合併，是指兩家或兩家以上的企業合併成一家企業。控股合併，是指一家企業購入或取得了另一家企業有投票表決權的股份，並已達到可以控制被合併企業財務和經營政策的持股比例。
2、是否保有法人資格不同：通過控股合併，原有各家公司依然保留法人資格。但通過吸收合併，只保留一個法人資格。
3、合併的主要形式不同：吸收合併的主要形式有：母公司作為吸收合併的主體併成為存續公司，上市公司登出；上市公司作為吸收合併的主體併成為存續公司，集團公司登出；非上市公司之間的吸收合併。
控股合併只有一種形式，即為企業通過收購其他企業的股份或相互交換股票取得對方股份，達到對其他企業進行控制的一種合併形式。
法律依據：《股份有限公司國有股權管理暫行辦法》 第十一條
國有企業進行股份制改組，要按《在股份制試點工作中貫徹國家產業政策若干問題的暫行規定》，保證國家股或國有法人股(該國有法人單位應為國有獨資企業或國有獨資公司)的控股地位。國有股權控股分為絕對控股和相對控股。絕對控股是指國有股權持股比例佔50%以上(不含50%);相對控股是指國有股權持股比例高於30%低於50%，但因股權分散，國家對股份公司具有控制性影響。計算持股比例一般應以同一持股單位的股份為準，不得將兩個或兩個以上國有股權持股單位的股份加和計總。
