區別在兼併中，被合併企業作為法人實體不復存在;而在收購中，被收購企業可仍以法人實體存在，其產權可以是部分轉讓。
收購企業是被收購企業的新股東，以收購出資的股本為限承擔被收購企業的風險。
兼併後，兼併企業成為被兼併企業新的所有者和債權債務的承擔者，是資產、債權、債務的一同轉換;而在收購中，收購企業是被收購企業的新股東，以收購出資的股本為限承擔被收購企業的風險。
兼併多發生在被兼併企業財務狀況不佳、生產經營停滯或半停滯之時，兼併後一般需調整其生產經營、重新組合其資產;而收購一般發生在企業正常生產經營狀態，產權流動比較平和。
根據《中華人民共和國公司法》第一百七十二條，公司合併可以採取吸收合併或者新設合併。 一個公司吸收其他公司為吸收合併，被吸收的公司解散。兩個以上公司合併設立一個新的公司為新設合併，合併各方解散。
