一、合夥企業股權轉讓如何納稅
《財政部、國家稅務總局關於合夥企業合夥人所得稅問題的通知》(財稅〔2008〕159號)規定，合夥企業生產經營所得和其他所得采取“先分後稅”的原則納稅。我國《合夥企業法》規定，合夥企業的生產經營所得和其他所得，按照國家有關稅收規定，由合夥人分別繳納所得稅。合夥人的出資、以合夥企業名義取得的收益和依法取得的其他財產，均為合夥企業的財產。
根據上述規定，甲企業需將該項股權轉讓所得併入生產經營所得和其他所得扣除相關成本費用後的淨所得，由投資者分別繳納所得稅。
該項股權投資是以合夥企業的名義出資的，根據《財政部、國家稅務總局關於印發關於個人獨資企業和合夥企業投資者徵收個人所得稅的規定的通知》(財稅〔2000〕91號)，合夥企業的收入總額包括商品(產品)銷售收入、營運收入、勞務服務收入、工程價款收入、財產出租或轉讓收入、利息收入、其他業務收入和營業外收入。同時，財稅〔2008〕159號檔案規定，生產經營所得和其他所得，包括合夥企業分配給所有合夥人的所得和企業當年留存的所得(利潤)。
財稅〔2000〕91號檔案規定自然人投資者在取得該項股權轉讓收益時，應作為投資者的生產經營所得，比照《個人所得稅法》中規定的“個體工商戶的生產經營所得”應稅專案，適用5%~35%的五級超額累進稅率，計算繳納個人所得稅。
如果該項投資是以自然人投資者個人的名義出資的，取得該項股權轉讓收益則不屬於該合夥企業的收益，需要按照《個人所得法》中規定的“財產轉讓所得”適用20%的稅率，計算繳納個人所得稅。
二、企業投資者涉稅處理
財稅〔2008〕159號檔案規定，合夥企業以每一個合夥人為納稅義務人。合夥企業合夥人是自然人的，繳納個人所得稅;合夥人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。根據該規定，企業投資者從合夥企業分得的淨收益需要繳納企業所得稅。企業投資者對該項已繳納所得稅後的利潤，須作為企業投資者對該合夥企業的分紅進行入賬。對於企業投資者確認的分紅所得，根據我國《企業所得稅法》及其實施條例規定，居民企業直接投資於其他居民企業取得的股息、紅利等權益性投資收益為免稅收入。而《企業所得稅法》第一條規定個人獨資企業、合夥企業不適用本法。居民企業不包括合夥企業。因此，企業投資者取得合夥企業分配所得已繳所得稅後的利潤不屬於《企業所得稅法》所規定的免稅範圍，需要併入企業投資者其他應稅所得計算繳納企業所得稅。
財稅〔2008〕159號檔案出臺時，《合夥企業法》已經修訂，並將法人企業增加到合夥人的範圍。該檔案規定，企業投資者取得的來源於合夥企業的所得繳納企業所得稅。由於財稅〔2000〕91號檔案出臺時，合夥企業的合夥人範圍只限於自然人出資，因此，按照當時的情況，財稅〔2000〕91號檔案表述為比照“個體工商戶的生產經營所得”應稅專案，適用5%~35%的五級超額累進稅率，計算繳納個人所得稅。可以看出，財稅〔2000〕91號檔案的這個規定與財稅〔2008〕159號檔案出現了牴觸，因此，合夥企業在實務操作過程中需要按照新法優於舊法的原則執行財稅〔2008〕159號檔案規定。
另外，合夥企業在執行稅收檔案過程中，會產生如下納稅情形：按照財稅〔2008〕159號檔案規定，投資於同一合夥企業的兩位投資者由於其性質不同，對於合夥企業的分配所得需要分別適用不同的所得稅率，即自然人投資者適用個體工商戶適用稅率5%~35%，而企業投資人適用企業所得稅率25%。企業投資人取得合夥企業的分配所得，先按合夥企業的規定繳納企業所得稅，按照《企業所得稅法》及其實施條例的規定，該所得屬於企業投資人的分紅所得，由於沒有免稅規定，需併入投資人的其他應稅所得，再計算繳納企業所得稅。
三、相關政策待明確
根據我國《合夥企業法》的規定，自然人、法人和其他組織均可以成為合夥企業的合夥人，合夥的形式也各有差異，分為普通合夥企業、特殊普通合夥和有限合夥企業。不同性質的合夥人、不同形式的合夥企業，在股權轉讓、投資分利等事項發生時，如何正確履行相應的納稅義務，是投資者所關注的問題。
近期《財政部、工商總局關於推動大中型會計師事務所採用特殊普通合夥組織形式的暫行規定的通知》(財會〔2010〕12號)要求大型會計師事務所應當於2010年12月31日前轉製為特殊普通合夥組織形式;鼓勵中型會計師事務所於2011年12月31日前轉製為特殊普通合夥組織形式。這項政策的出臺也增加了合夥企業對相關稅收政策的需求。
《企業所得稅法》第二十六條規定的免稅收入包括：符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益。但是目前並無檔案規定企業投資者從合夥企業取得的權益性收益的納稅操作程式。
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