一、工程款的違約金計算方法是怎樣的
1、合同對違約金有具體約定的按約定，對違約金無約定或約定不明確的，按沒有約定處理。
2、違約金的計算依據是合同總價。
3、約定違約金數額一般以不超過合同未履行部分的價金總額為限。
《合同法》第一百一十四條規定：當事人可以約定一方違約時應當根據違約情況向對方支付一定數額的違約金，也可以約定因違約產生的損失賠償額的計算方法。
約定的違約金低於造成的損失的，當事人可以請求人民法院或者仲裁機構予以增
加;約定的違約金過分高於造成的損失的，當事人可以請求人民法院或者仲裁機構予
以適當減少。
當事人就遲延履行約定違約金的，違約方支付違約金後，還應當履行債務。
二、工程合同逾期付款違約金的計算標準
1、1996年最高人民法院《關於逾期付款違約金應當依據何種標準計算問題的批覆》中規定，“逾期付款違約金應當依照付款金額每日萬分之五計算。”2001年最高人民法院的司法解釋將此比例調整到每日萬分之二點一，2004年1月1日起又有所變化，即“逾期貸款(借款人未按合同約定日期還款的借款)罰息利率由現行按日萬分之二點一計收利息，改為在借款合同載明的貸款利率水平上加收30%-50%”。
2、有關違約金的法律規定
在人民法院審判當事人沒有約定的違約金計算方法的問題中，就違約金的標準，最高人民法院先後於1994年3月12日公佈“法函[1994]10號”、1996年5月16日的“法復〔1996〕7號”、1999年1月29日“法釋〔1999〕8號”、2000年11月21日“關於修改《最高人民法院關於逾期付款違約金應當按照何種標準計算問題的批覆》的批覆”四個司法解釋，違約金的標準也從1996年5月16日前的每天萬分之三，年利率為10.95%;變為1996年5月17日——1999年1月29的每天萬分之五，年利率為18.25%;又變為1999年1月30——2000年11月21日的每天萬分之四，年利率為14.6%;最後變為2000年11月22日以後的“參照中國人民銀行規定的金融機構計收逾期貸款利息的標準計算逾期付款違約金”，2000年11月22日至2003年12月31日為每天萬分之二點一，年利率為7.665%.
“法函[1994]10號”參考了中國人民銀行的銀髮[1990]97號通知下發的《違反銀行結算制度處罰規定》，法復(1996)7號參考了中國人民銀行銀髮(1994)256號的《異地託收承付結算辦法》和《異地託收承付結算會計核算手續》;1999年1月29日“法釋〔1999〕8號”、2000年11月21日“關於修改《最高人民法院關於逾期付款違約金應當按照何種標準計算問題的批覆》的批覆”均參照了中國人民銀行規定的金融機構計收逾期貸款利息的標準的有關檔案。而2000年11月21日起施行的最高人民法院法釋〔2000〕34號檔案也明確規定了，對於合同當事人沒有約定逾期付款違約金標準的，人民法院可以參照中國人民銀行規定的金融機構計收逾期貸款利息的計算標準計算逾期付款違約金。中國人民銀行調整金融機構計收逾期貸款利息的標準時，人民法院可以相應調整計算逾期付款違約金的計算標準。
綜上所述，工程合同中違約金的賠償應該按照合同的約定來執行，但如果合同中沒有約定的，法律中也有相關的規定賠償標準的，當然雙方也可以通過協商來解決違約賠償的問題，如果協商不成的可以通過起訴的方式來解決。
