一、本罪與事前有通謀的共同犯罪
窩藏、包庇行為是在被窩藏、包庇的人犯罪後實施的，其犯罪故意也是在他人犯罪後產生的，即只有在與犯罪人沒有事前通謀的情況下，實施窩藏、包庇行為的，才成立本罪。如果行為人事前與犯罪人通謀，商定待犯罪人實行犯罪後予以窩藏、包庇的，則成立共同犯罪。
二、本罪與偽證罪的界限
偽證罪中的故意作虛假證明為犯罪人隱匿罪證的行為，與窩藏、包庇罪有相似之處。
二者的主要區別：
(1)本罪為一般主體;而偽證罪是特殊主體，只限於證人、鑑定人、記錄人與翻譯人。
(2)本罪發生的時間沒有限制;而偽證罪必須發生在刑事訴訟中。
(3)本罪是通過使犯罪人逃匿或者採取其他庇護方法，使其逃避刑事制裁;偽證罪掩蓋的是何案件有重要關係的犯罪情節。
(4)窩藏、包庇的物件既可以是未決犯，也可以是已決犯;而偽證罪所包庇的物件只能是未決犯。
