當前我國中藥智慧財產權保護主要有以下八種方式：
一、中藥品種行政保護
為了加強中藥智慧財產權的行政保護，國務院於1993年出臺了中藥品種保護條例。作為專利法的補充和完善，中藥保護條例是行政法規。中藥保護侷限於品種，其保護期限從二級保護的7年至一級保護的10年到30年不等。
二、中藥發明專利保護
中藥的專利保護越來越受中藥企業和研究院所青睞，這既有加入WTO的原因，也與新的藥品註冊管理辦法出臺的三個不侵犯專利條款有關，還與我國新修訂的專利法適度放鬆對藥品保護有關。
1985年4月1日，我國實施的第一部專利法規定，對藥品和用化學方法獲得的物質不授予專利權。1993年1月新修訂的專利法擴大了對藥品專利權的保護範圍，可以通過對藥品的製備工藝給予中藥保護，發明專利保護期20年。加入WTO後，世貿組織要求我國修改專利法，其中對醫藥智慧財產權所作承諾包括：降低藥品進口關稅稅率、放開藥品分銷業務、延長藥品專利保護期等條款。因此，中藥專利保護具有強制性，也是國際上認可的法律保護體系，是企業無形資產的組成部分。
三、中藥商標保護
我國加入WTO後，企業自我保護意識加強，崛起了一大批中藥品牌，其勢直逼百年老品牌，顯現了商標品牌的獨特魅力。據統計，連續4年我國國內商標註冊量超過了50萬件，國際註冊商標以年均1000件以上的速度增長，其中以中藥為代表的藥品及其保健品的商標註冊數量佔有相當比重。充分表明了企業運用商標戰略保護中藥品牌、實現裂變增長的運作是成功的。
四、中藥原產地、地理標誌的保護
地理標誌是表明產品原產於某成員國境內某一特定地區，其產品因當地特殊的地理環境、氣候造就了藥材良好的質量特性，如吉林的人蔘、四川的貝母、寧夏的枸杞、文山的三七等。根據TRIPS協議，要求各締約成員國有義務和責任遵守TRIPS協議中有關原產地保護的條款，同時各成員國還有互認和免檢功能，它是一個國家名優特產品質量與信譽的標誌和保證，在進入國際市場上不但擁有特殊的護身符，而且出口還將享受關稅優惠待遇。
五、中藥的外觀包裝設計保護
中藥產品的外觀包裝是工業設計中涉及產品的形狀、圖案、色彩及組合、並富有美感的專業設計。工業設計在專利法中被稱為外觀設計，是對中藥產品的除發明專利、商標以外的另一種保護方式。
六、商業祕密保護
商業祕密是不為公眾知曉、未曾對外公開和披露的資訊，我國的反不正當競爭法中有侵害商業祕密權益的條款，它也是中藥智慧財產權保護的重要方式。包括中藥研發資訊、關鍵工業引數、試驗資料、營銷渠道、客戶名單、財務資訊等，企業通過實施保密措施加以保護。
七、國家科技祕密保護
關係到國家安全，科技發展和經濟利益的科技成果均屬於國家祕密。中藥產業中的中藥材、中藥製劑配方、主要技術指標、工業路線、關鍵技術均可按技術密級、確定密級時間、保密期限申請，經各級科技部門保密辦公室審查上報，由國家保密辦公室核准即可獲得相應的保密級和保密期限。
八、著作權的保護
企業在文化建立中形成的企業經營理念、宗旨，對外整合傳播的資訊，企業的標識、標誌、廣告用語、廣告文案，特定的藥品說明書設計等均屬著作權的保護範疇，著作僅屬於版權局管理和授權。
