從事計算所軟體科研開發、技術貿易的高新技術企業通常面臨著兩個問題：一是需要不斷開發和積累本企業的技術成果，以保持企業技術的優勢;二是需要保護好企業擁有的智慧財產權，以能夠利用本企業的智慧財產權為自身帶來經濟效益，否則將會影響企業的生存和發展。面在處理兩者關係中，智慧財產權的保護通常佔有更重要的地位。這是因為，高新技術企業大都是以知識創新開發產品，當知識產品進入市場後，則完全依賴於對其智慧財產權的保護，如果沒有保護或保護不好，企業就不可能大規模的知識開發投資，企業也不可能更好的生存與發展。
目前，我國的軟體企業在維護自身合法權益方面仍然與國外同類企業存在著較大的差距，在兩個方面問題上比較突出：一是保護軟體智慧財產權法制意識比較薄弱;二是智慧財產權歸屬關係不清。甚至還有一些企業尚未將保護軟體智慧財產權的內容納入企業管理制度之中。
智慧財產權是一種無形的產權，是企業的重要財富，保護軟體智慧財產權應當作為現代企業制度的一項基本內容
企業可以進行以下兩個方面的工作：
1.建立企業的智慧財產權管理制度
一個軟體企業，往往會面臨軟體智慧財產權的權利歸屬、軟體人才的管理、軟體技術的保密以及軟體成果的有效利用等一系列的問題，這些問題的解決不可能僅僅依靠企業的某些領導的行政干預，依靠企業自身的管理制度才是解決問題是一種有效的途徑。從目前我國軟體企業的情況看，因軟體的權利歸屬不清、人才外流、管理不善面導致軟體智慧財產權洩密和流失的問題比較嚴重，軟體的研發及經營活動中不規範的問題比較突出。國外的實踐證明，企業自身的智慧財產權管理制度是企業生存與發展非常重要的管理手段，企業智慧財產權管理制度，不僅應當形成激勵機制，還應當建立明確的約束機制，並將可能發生的問題防患於未然。通過制度管理，有效地控制和管理企業有關智慧財產權保護方面的資料，掌握主動權，以確保企業在技術發展處於不敗的地位。
2.設定企業的智慧財產權管理機構
考察外國的高新技術企業的機構時，不難發現許多企業特別設定了智慧財產權部門，參與到軟體立項、開發、銷售及售後服務的每一環節，併為對外事務提供法律保障;企業不由一名主要負責人專門負責企業智慧財產權的事務，以杜絕在管理中出現的缺陷或者將缺陷降到最低的限度。相反，我國有的企業往往是遇到法律糾紛人員參與問題的解決。由於專業知識上的差距以及時間上的限制，問題涉及範圍大、問題的積累較多，增加了解決問題的複雜性，進而給企業帶來麻煩。
