舊《條例》第二十七條明文規定，凡已經辦理登記的軟體，在軟體權利發生轉讓活動時，受讓方應當在轉讓合同正式簽訂後3個月內向軟體登記管理機構備案，否則不能對抗第三者的侵權活動。該條頒佈實施時曾經在實踐中引起爭議：一種觀點認為，軟體轉讓合同如果在3個月內不予備案，則轉讓合同不發生法律效力，即使是已經實際履行的也不影響合同的無效;另一種觀點則認為，軟體轉讓合同雖然沒有備案，但是在軟體轉讓合同雙方當事人之間轉讓已經發生法律效力，不過不能對抗第三人。
現行《條例》第二十一條對此的規定是，軟體轉讓合同“可以”向國務院著作權行政管理部門認定的軟體登記機構登記(國家版權局主管全國軟體著作權登記管理工作，國家版權局認定中國版權保護中心為軟體登記機構。經國家版權局批准，中國版權保護中心可以在地方設立軟體登記辦事機構)，強調的是自願登記原則。
該規定的合理性表現在：
一、充分尊重當事人的意思自治，體現了國家對私權的尊重;另外從實際情況看，國家進行了幾次的機構改 革，原來的軟體轉讓合同登記管理機構已幾經轉換;
二、減輕了政府相關部門的負擔，符合入世後政府職能轉變的大的趨勢;
三、避免了司法部門在審理案件時因為 軟體轉讓合同是否生效而產生的分歧，有利於法制的統一。
故在實踐中應當充分認識和掌握現行《條例》對軟體轉讓合同登記已經由舊《條例》的強制登記改為自願登記，準確把握軟體轉讓合同是否登記本身並不影響該轉讓合同的效力。
