舉證責任是指當事人對自己提出的主張，有提出證據並加以證明的責任，它的內容，一是行為責任，就是由誰舉證，二是後果責任，就是舉證不能和舉證不足的後果究竟由誰承擔。具體包括：(1)當事人對自己提出的主張，應當提出證據;(2)當事人對自己提供的證據，應當加以證明，以表明自己所提供的證據能夠證明其主張;(3)若當事人對自己的主張不能提供證據或提供證據後不能證明自己的主張，將可能導致法院對自己不利的裁判，即承擔敗訴的結果。
在審理醫療糾紛案件時，應當根據《民法能則》的規定，按照侵權損害賠償責任構成要件，審查有無侵權以及侵權人是否存在主觀過錯，以此來判斷醫療機構是否應當承擔民事損害賠償責任。從2002年4月1日起正式設身處地的《最高人民法院關於民事訴訟證據的若干規定》(下稱《若干規定》)第4條第(八)項規定：因行為引起的侵權訴訟，由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關係及過錯承擔舉證責任。這就是醫療糾紛舉證責任倒置的規定。
【糾紛中醫療機構的舉證責任】
在《若干規定》實施之前，依據我國1991年《民事訴訟法》第64條的規定，舉證責任遵循“誰主張，誰舉證”的原則，這意味著在醫療糾紛案件中，患者有責任對自己的特殊性，醫療行業是一項技術性很高的待業，專業性較強，要由不懂醫或醫學知識較少的中尉得一方來舉證證明醫院在醫療行為中有過錯，是很困難的。《若干規定》中規定“因醫療行為引起的侵權訴訟，由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關係及過錯承擔舉證責任”，不僅是對《民事訴訟法》舉證責任理論上的進一步完善，而且也對保護處於弱勢的患者一方的合法權益具有重要的實踐意義。
專業案件由被告舉證的例子在國外很多，德國很早就認為醫療糾紛案件的舉證責任 在醫師，醫師執業就應該將各項醫療處置詳載於，即不用擔心不知如何辯解;此類專業案件的舉證責任倒置是世界趨勢。實行舉證責任倒置，立法時所考慮的因素通常有兩個，一是舉證的難易程度;二是是否有利於被害人進行保護。如果將某一案件事實的舉證責任加在無視了證據材料又缺乏必要的收集證據的條件與手段的當事人身上，而佔有或接近證據材料、有條件有能力收集證據的另一方當事人反倒不負舉證責任，勢必造成顯而易見的不公平。醫療糾紛案件實行舉證責任倒置，也是從優先保護被害人的需要考慮。此外，“舉證責任倒置”的實施，也是從案件辦理的公正和效率角度考慮，有早於及時全面地取得證據。
如果醫療糾紛經過和解和行政調解得不到有效解決，最後途徑便是民事訴訟。一旦進入訴訟程式，責任的認定就成了關鍵問題。醫療訴訟的責任認定一般有三種：法官判定、技術鑑定和醫療過錯司法鑑定。
1、法官直接判定
並不是所有醫療糾紛都必須經過醫療鑑定才能明確責任，根據《民事訴訟法》第72條規定“人民法院對專門性問題認為需要鑑定的，應當交由法定鑑定部門鑑定;沒有法定鑑定部門的，由人民法院指定的鑑定部門鑑定”。問題的關鍵在於醫療糾紛案件爭議的事實是不是“專門性問題”，法官是否“認為需要鑑定”。
從前面醫療糾紛概念的分析可以得知，有些醫療糾紛爭議事實並不是專業醫療問題，甚至不涉及醫學知識，法官沒有必要依申請或依職權安排醫療鑑定。
2、醫療事故技術鑑定
按照《醫療事故技術鑑定暫行辦法》，目前我國醫療事故技術鑑定分為首次鑑定和再次鑑定，首次鑑定工作由設區的市級和省、自治區、直轄市直接管轄的縣(市)級地方醫學會組織專家鑑定組進行;再次鑑定工作由省、自治區、直轄市地方醫學會組織進行;對疑難、複雜並在全國有重大影響的醫療事故爭議，省級衛生行政部門可以商請中華醫學會組織醫療事故技術鑑定。但一般情況下，再次鑑定就是最終鑑定。
鑑定結論應該包括：醫療行為是否違反醫療衛生管理法律、行政法規、部門規章和診療護理規範、常規;醫療過失行為與人身損害後果之間是否存在因果關係;醫療過失行為在醫療事故損害後果中的責任程度;醫療事故等級等內容。
鑑定組會綜合分析醫療過失行為在導致醫療事故損害後果中的作用、患者原有疾病狀況等因素，判定醫療過失行為的責任程度，從重到輕分為4級，完全責任、主要責任、次要責任和輕微責任。鑑定結論中的責任認定直接關係到賠償專案、範圍和數額的最終確定。
醫療事故等級分為四級十二等，分別是一級甲、乙等醫療事故;二級甲、乙、丙、丁等醫療事故;三級甲、乙、丙、丁、戊等醫療事故;四級醫療事故。對於傷殘患者，醫療事故一級乙等至三級戊等對應傷殘等級一至十級。司法實踐中，事故等級與賠償數額之間不存在正比關係。
3、醫療過錯司法鑑定
從2005年10月1日起，全國人大會常委會《關於司法鑑定管理問題的決定》正式實施，其中規定“在訴訟中，對本決定第二條所規定的鑑定事項發生爭議，需要鑑定的，應當委託列入鑑定人名冊的鑑定人進行鑑定。鑑定人從事司法鑑定業務，由所在的鑑定機構統一接受委託。鑑定人和鑑定機構應當在鑑定人和鑑定機構名冊註明的業務範圍內從事司法鑑定業務”。《決定》也明確了鑑定人依法迴避和出庭作證制度。
