從我國目前的鑑定體制來看，醫療糾紛的鑑定主要有兩種方式：一是醫學會鑑定專家組進行的醫療事故技術鑑定即醫療鑑定;二是通過司法鑑定部門進行的因果關係鑑定即司法鑑定。由於二者的啟動程式、鑑定人員的組成、鑑定方式、鑑定內容不盡相同，必然導致兩種鑑定結論在訴訟中的“公信力”相差巨大，所以就二者之間的關係進行簡單的論述和比較。希望在患者及其家屬在明確各方面利弊的情況下，做出取捨和選擇，最大限度的維護自己的合法權益。
一、啟動程式不同
首先，應當說鑑定是一種“被動”的行為。它是鑑定組織應糾紛雙方或糾紛處理部門的要求，對糾紛中的一些專門性問題進行科學的分析、理性的判斷，最後得出結論性意見的行為。因此，任何鑑定都存在鑑定啟動的問題，即誰有權委託鑑定組織進行鑑定。根據《醫療事故處理條例》的規定，醫學鑑定由衛生行政部門委託或醫患雙方當事人共同委託兩種啟動方式。前者屬於行政鑑定，解決的是行政處理醫療糾紛中的專門性問題，即是否屬於醫療事故的問題和賠償調解問題。後者屬於自行委託的鑑定，其作用在於給雙方當事人一個“判定的標準”。
司法鑑定是獨立於自行委託鑑定和行政鑑定之外的一種鑑定。目前根據我國法律和相關司法解釋的規定，司法鑑定的啟動一般是由雙方當事人申請或法律服務機構申請，委託社會上依法設立的司法鑑定機構進行鑑定。司法機關對案件中的專門性問題認為需要鑑定的，也可以指令或直接委託專門司法鑑定機構進行鑑定。
因此，從比較醫療鑑定與司法鑑定的啟動程式可以看出，二者的啟動程式是不同的。由於司法處理是目前法制國家認同的所有糾紛最終救濟途徑，司法處理具有絕對的權威性。加之司法鑑定在啟動之前，雙方的醫療糾紛已經起訴至法院，法官對於案件的全部情況有比較清楚的認識和了解，對於案件中存在的疑難問題、專業技術問題以及法律問題都有比較全面的認識，顯然法官委託鑑定可能有更強的針對性，提供的材料更加客觀、真實、全面。因此，從鑑定程式的啟動上看，司法鑑定優於醫療鑑定。
二、鑑定人員的組成不同
根據《醫療事故處理條例》的規定，省、市兩級醫學會分別組建轄區範圍內的醫學專家庫，由雙方當事人從專家庫中抽籤選擇醫學專家參加醫學鑑定，鑑定人員是都具有高階技術職稱的醫學專家。
而司法鑑定是由司法鑑定機構組織兩名以上具備司法鑑定人資格的法醫學專家主持鑑定，同時可特邀或聘請臨床醫學專家參加鑑定。
醫學鑑定和司法鑑定都有臨床醫學專家的參與，所不同的是，參加鑑定的醫學專家數量的多少和在鑑定中的主次地位。因此，醫學鑑定、司法鑑定各有利弊。但是，鑑定畢竟是一項法律服務的特殊工作，有特殊的鑑定思維和鑑定方法。這其中還涉及法律問題、證據審查和甄別以及事實認定等問題。因此，單純的臨床醫學專家開展鑑定很難讓鑑定做得完美。
三、鑑定的組織者不同
鑑定是一種依照法律規定，有組織、有秩序進行的社會行為。強調鑑定的法律程式性，不得違反公平、公正和科學的原則，任何影響公正的因素都可能影響鑑定的效力。因此，鑑定的組織者也是鑑定中的一個重要因素。
根據《醫療事故處理條例》和《醫療事故技術鑑定暫行辦法》的規定，醫學鑑定由醫學會負責組織。一方面醫學會組建本轄區的專家庫;另一方面，由醫學會設立醫學鑑定辦公室承擔鑑定事務。醫學會在整個醫學鑑定過程中扮演了組織者的角色。
司法鑑定的組織者是司法鑑定機構，其在鑑定中的功能與作用，與醫學會相比並沒有明顯的差別。但是司法鑑定機構與醫學會二者，在與醫療機構的關係上卻有明顯的不同。
醫學會雖然是一個獨立的社會團體，但他由於在衛生行政機關掛靠，由政府出資設立，並由當地衛生行政官員管理，實質上它與衛生行政機關及醫療機構有著千絲萬縷的聯絡，一些醫療機構及其醫務人員就是醫學會的會員(單位)。而司法鑑定機構隸屬於不同的司法機關，是在司法行政機關登記註冊並受其監督的公益性社會組織，其與醫療機構的組織關係相對鬆散，受到醫療機構的影響相對較少。因此，在醫療事故處理的過程中受到患者及其家屬的青睞。
四、鑑定的內容和鑑定所要解決的問題不同
這是兩種鑑定最根本的不同點，也是司法鑑定在訴訟中更多地為法官採信的原因。
前文已經介紹過了，鑑定的目的就是要解決行政處理和司法裁判過程中的一些疑難專業技術問題。在一般的訴訟中，法官可以比較明確地向鑑定人提出鑑定需要解決的問題，司法鑑定機構的鑑定人員由於具有專門的鑑定知識和經驗，又有法律知識，長期與司法人員接觸，因而比較容易理解法官所提出的鑑定目的，從而能夠有針對性地完成鑑定任務，彌補法官在審判案件中醫學專業知識不足的缺陷，儘可能的使案件科學、公正的裁判。
在涉及民事賠償的醫療糾紛訴訟案件中，如果當事人沒有特別強調違約問題，目前一般是將醫療損害事件作為侵權糾紛來處理。因此，法官需要解決的問題是醫療損害事件是否符合侵權責任構成的四個要件：
1、損害行為，通俗講，就是醫院在治療、搶救的過程中存在的醫療過錯行為。這裡需要提醒廣大患者及其家屬，這裡所講的過錯行為是現實存在、並且可以用相關證據證明的“過錯行為”。對於這個問題，患者及其家屬作為受害人，千萬不要“想當然”!
在日常接待患者及其家屬的諮詢時，有很多患者家屬會說類似的話：“我們家的親屬到醫院搶救不到五分鐘就死亡了，醫院一定有責任!”。像這樣的“理由和依據”，無論是醫療訴訟或者是鑑定，都是站不住腳的，根本就是不堪一擊的。如果患者及其家屬對於醫療技術問題確實不懂，你可以攜帶相關資料找專業醫療律師諮詢相關事宜，如果在你的周圍找不到專業的醫療律師的，你可以先找醫療相關專業的醫師，先看看病歷資料，聽一聽家屬見到的醫療、搶救的過程，讓他們憑藉自己的專業經驗，給你們分析一下意見。如果要走醫療訴訟或者鑑定，應當是一個很慎重的過程，希望患者及其家屬在有了充分準備的情況下，再決定下一步採取的方式。
2、損害結果，就是給患者及其家屬造成的功能障礙、器官缺損、身體殘疾、患者死亡的結果;如果患者及其家屬手頭上有“診斷證明”、相關檢查“報告”。可以客觀的證明受到的損害後果的，就可以作為損害後果的證據。
3、損害行為與損害結果之間是否具有因果關係;這是醫療糾紛中的核心和難點，由於患者到醫院進行治療時本身就是存在其他疾病的，怎樣區別損害後果是由於原發疾病造成的，還是醫院的醫療損害造成的，需要通過鑑定來區別，再劃分責任大小。在法律的責任劃分上講求“直接的因果關係”，也就是說，患者的傷害後果就是由於醫院的醫療過錯行為造成的，在能夠確定這樣的情況下，醫療機構就應當承擔相應的法律責任。
4、醫療行為本身是否具有過錯。該條應當說是屬於“結論性”的了。在判定上需要醫療專業技術的支援。
而其後3、4兩個要件，由於醫療行為的特殊性和專業性，法官難以判斷真偽，即使醫療機構對這兩個問題進行舉證，法官也難以從醫療機構提供的證據中做出正確的判斷。因此，法官更多地需要專業鑑定機構來解決這些問題。司法鑑定正是滿足了法官的這一要求，在鑑定中著重解決醫療行為是否具有過錯，過錯的醫療行為與損害後果之間是否具有因果關係。
但是，醫療事故鑑定卻難以解決問題。雖然根據《醫療事故處理條例》和《醫療事故鑑定辦法》的規定，醫學會專家組做出的鑑定應當包括上述特定內容。但是，由於傳統思維和衛生行政處理的特定要求的原因，目前醫學會做出的鑑定結論仍然只注重是否屬於醫療事故;如果構成醫療事故的，醫療事故的級別等等。這就使得醫學鑑定不能滿足司法審判的需要，導致法官不得不重新啟動司法鑑定程式。
五、鑑定的監督機制不同
鑑定的監督包括對鑑定人的一般監督和具體鑑定行為的監督，還包括具體鑑定作出的事後監督。鑑定的監督直接關係到鑑定的客觀、公正和科學性。因此，鑑定的監督機制也是影響鑑定的重要因素。是體現其“公信力”的標準。
醫學鑑定的監督，主要有三個方面：
1、醫學會對鑑定專家資格審查的事前一般性監督;多是“資格與資質”審查，錄入專家庫等等。
2、衛生行政機關對鑑定專家組出具的鑑定文書進行審查;留樣備份、編號、存檔等等。
3、上級醫學會鑑定專家組進行再次鑑定;通常就是當事人對初次鑑定結果不服，再次申請省級醫療事故鑑定，由上一級的醫療事故鑑定機構重新做出醫療事故鑑定結論。按照醫療事故鑑定規則，有兩級醫療事故鑑定結論的，以最後一次的鑑定結論為準。這就是上級醫學會鑑定專家組對下級醫學會鑑定專家組的監督機制。
司法鑑定的監督，主要是行政監督和司法監督兩個方面：
所謂行政監督，是指有行政管理權的機關對司法鑑定人及其所在的司法鑑定機構的監督管理。也包括鑑定人所在的司法鑑定機構對鑑定人的監督管理。這種管理帶有明顯的行政強制性，監督的力度比較大，也比較有效。
司法監督主要是通過法庭對鑑定人提交的鑑定報告的審查，鑑定人出庭質證、對質等方式來完成。直接關係到鑑定結論的效力和鑑定人的信譽，因而這種監督也是對鑑定人鑑定能力、鑑定資質、鑑定水平等諸多因素的考察。
從醫療法律實務上看，鑑定結論是否經過法庭質證，將會直接關係到鑑定的效力。根據我國《民事訴訟法》和《民事訴訟證據規則》的規定，鑑定結論必須當庭出示並接受雙方當事人質證，沒有經過質證的鑑定結論不能作為定案依據。而醫療糾紛當事人一方或者雙方要求鑑定人出庭接受質詢，鑑定人如果沒有出庭的，就可能影響到質證的效果，從而影響鑑定的證據效力。
相比較而言，醫學鑑定的監督力度顯然要弱得多，而且沒有相應的監督保障措施，這也在一定程度上影響到鑑定的效力。甚至在訴訟中會出現，患者及其家屬會強烈反對醫療事故鑑定的情況。即便是在醫療事故鑑定中，已經定性為醫療事故的，由於患者及其家屬對於事故級別的判定不滿意，要求再行司法鑑定的要求。
另外，從程式的嚴肅性上講，司法鑑定的鑑定書(鑑定報告)都要求有鑑定人的簽字規定，而醫療事故鑑定卻出現沒有鑑定專家的親筆簽字，不符合訴訟法基本的要求。醫療事故鑑定的“集體負責制”會發生集體都不負責的尷尬局面。倘若，鑑定人的責任心不強，當事人就會對其鑑定結論的“信服力”大打折扣。從利益關係上看，當地醫學會及其抽取的專家庫的醫師，在確定是否構成醫療事故時，還可能會考慮到《醫療事故處理條例》關於“構成醫療事故須報國家衛生部”的規定，這對其醫院及院長政績的影響是很大的。所以，醫療事故鑑定專家在做出鑑定結論的時候，往往很“謹慎”。
從上面的敘述和比較中我們不難看出，醫療事故鑑定是衛生行政部門處理醫療事故的一個環節，而司法鑑定則是司法機關(尤其是在醫療糾紛訴訟中)公斷醫療糾紛案件的常規程式。從司法鑑定與醫療鑑定的區別中不難看出司法鑑定優於醫療鑑定。從“公信力”上看司法鑑定也優於醫療鑑定。
從醫療糾紛的法律實務上看，在鑑定方式的選擇上，如果是以“人身傷害”起訴的，則在訴訟程式中必然要做人身傷害的司法鑑定。如果鑑定結論認定為有“人身傷害的過錯行為”的，那麼按照人身損害的賠償數額，通常情況下是高於通過醫療事故鑑定為事故，應當賠償的數額的。從這個意義上講，無論是鑑定的公正性，還是從賠償數額的衡量，司法鑑定程式對患者及其家屬更為有利。
