1、衛生行政部門組織鑑定
如果當地的衛生行政部門，接到醫療機構關於重大醫療過失行為的報告，或者醫療事故爭議當事人，要求處理醫療事故爭議的申請後，衛生行政部門認為需要進行醫療事故技術鑑定的，應當交由負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定。
當地衛生行政部門啟動醫療事故鑑定的程式醫療衛生行政主管部門接到下屬的醫療機構的報告組織的鑑定;或者是患者及其家屬單方面要求衛生行政主管部門組織醫療事故鑑定，並且得到許可的情況下方可以啟動。
該程式的啟動往往需要醫療機構的報告，衛生部門認為必要;或者患者自己提出請求，衛生部門同意、許可，才可以啟動。如果醫療機構沒有向衛生主管部門提出報告;衛生主管部門認為沒有必要鑑定;或者患者及其家屬提出鑑定申請，但是衛生行政主管部門認為沒有必要鑑定，或者拒絕鑑定的，則該程式是無法啟動的!患者及其家屬是可以單方面向衛生行政主管部門提出啟動鑑定申請的要求的。
如果是衛生行政部門組織鑑定的，則往往是在醫療訴訟程式前，未進入醫療訴訟程式的情況下。如果糾紛已經進入訴訟程式，往往醫學會是拒絕受理的。等待法院的委託或者當事人的協商結果，通過在訴訟中的請求和委託進行醫療事故鑑定。
2、法院鑑定
根據中國訴訟法的相關規定，如果在醫療糾紛訴訟中，醫療機構和患者及其家屬都沒有提出醫療事故鑑定申請的，而主審法官認為有必要做事故糾紛的，那麼法官自己也可以提出醫療事故鑑定的要求，啟動醫療事故鑑定程式。
該鑑定程式在設定上是有其特殊性的，與其說是醫患雙方當事人的一個訴訟權利，不如說是法律給了法官的一項權利。使法官在醫療糾紛訴訟程式中，可以更好的駕馭庭審程式，給法官的裁判提供法律依據。
法院要求醫療事故鑑定的，不需要醫療事故糾紛雙方當事人的申請，也不存在當地醫學會是否受理的問題，只要庭審法官認為必要的，就可以啟動醫療事故鑑定程式。
患者或家屬在申請醫療事故技術鑑定之前，一定要注意及時蒐集和保護證據，如病歷資料、實物、掛號證、醫療費單據、交通費票據等。此外，還要認真學習《醫療事故處理條例》、《醫療事故技術鑑定暫行辦法》及衛生管理法律、法規，按照醫學會的要求及時提交醫療事故技術鑑定相關材料，並委派詳細瞭解整個醫療糾紛案件、邏輯思維清晰、會說普通話的人員參加鑑定會。
對於醫療事故具體鑑定情況，是需要嚴格基於醫療事故造成的後果而定的，法律上也明確規定了相關事項的處理程式，對於不同的醫療事故後果所認定的鑑定等級是不同的，最終所認定的賠償和處理情況也是不同的。
