根據法律規範的規定，我們知道，各種型別的案件都是有管轄的規定的，各司法機關只能受理管轄範圍內的案件，對於其他型別的案件，需要進行移交。在刑事訴訟法中有指定管轄的情形，在出現情形後，需要按照既定的刑訴法指定管轄的處理辦法進行處理。
刑事案件指定管轄的處理方法：
指定管轄，是指上級人民法院以裁定方式，指定下級人民法院對某一案件行使管轄權。由於刑事訴訟法及相關的司法解釋只規定了立案管轄和審判管轄，實踐中對於管轄有異議後指定管轄的案件，一般有兩種處理方法：
一是在對該案件偵查終結後，將案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安機關，由該公安機關移送相應的檢察機關提起公訴;
二是被指定立案偵查的公安機關報請其上一級公安機關與該市中級法院協商後，中級法院指定該市某基層法院管轄，並通知與中級法院對應的市檢察院，市檢察院再通知相應的基層檢察院。
按照第一種處理辦法，犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安機關還需要進一步熟悉案件情況，然後再移送起訴，這可能會增加工作量，影響訴訟效率，但由於相應的檢察機關具備對該案的公訴權、相應的審判機關具備對該案的審判權，避免了一些彙報、協商、指定環節，從這個意義上講，也提高了司法效率。
按照第二種處理辦法，負責偵查的縣級公安機關首先要向其上一級公安機關彙報，其上一級公安機關再與當地中級法院協商，法院經研究確定由某一基層法院審判後，還要通知市級檢察院，再由市檢察院通知與被指定法院對應的基層檢察院。這樣一來，每個環節可能都需要協商、研究，可能還會出現意見不一致的情況，如果採取了逮捕強制措施，偵查羈押期限前尚未能確定公訴機關，偵查機關可能不得不申請延長偵查羈押期限或變更強制措施，如果已經延長過偵查羈押期限且不宜變更強制措施，就有可能面臨超期羈押的情況。
由於現有法律和司法解釋對刑事案件指定管轄方面規定的不夠具體，這些困惑在將來的司法實踐中還可能常常會遇到。筆者認為，應當通過立法來彌補有關空白，通過刑事訴訟法的修改完善，對於指定管轄進一步明確規範，尤其是在立法上要搞好立案管轄、公訴管轄和審判管轄的銜接，以減少不必要的協商、協調環節，進而提高司法效率。
指定由下一級的司法機關審理的案件。在實踐中，對於有異議的管轄權的處理辦法只有有兩種，一則在司法機關偵破案件後，移交給人民檢察院處理，二則司法機關之間的制定管轄。對於管轄範圍的規定，對提高辦案效率是有極大的幫助的。
