1、客體不同。銷售假藥罪侵犯的是國家藥政管理體制和公民的生命權、健康權;非法經營罪侵犯的是市場管理秩序。
2、客觀方面不同。銷售假藥罪是指銷售者違反國家藥品管理制度，銷售假藥的行為;非法經營罪則是未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品的。
3、法定最高刑不同。銷售假藥罪法定最高刑為，非法經營罪法定最高刑為五年以上。
非法經營罪是指【非法經營罪】違反國家規定，有下列非法經營行為之一的犯罪。
(一)未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品或其他限制買賣的物品的;
(二)買賣進出口許可證、進出口原產地證明以及其他法律、行政法規規定的經營許可證或者批准檔案;
(三)未經國家有關主管部門批准，非法經營證券、期貨或者保險業務的，或者非法從事資金結算業務的;
(四)從事其他非法經營活動，擾亂市場秩序，情節嚴重的行為。
非法經營罪中“違反國家規定”的理解
第一個層次，如果一個行為沒有違反國家規定，而只是違反了比國家規定位階低的地方性法規、部門規章等，當然不構成非法經營罪;
第二個層次，如果一個行為雖然違反了國家規定，但該國家規定未將該行為作“構成犯罪的…追究刑事責任”的規定、並且刑事司法解釋也未將該行為解釋為非法經營罪的行為方式的，也當然不構成非法經營罪。
第三個層次，如果一個行為雖然違反了國家規定、並且該國家規定將該行為作“構成犯罪的…追究刑事責任”的規定，但刑事司法解釋未將該行為明確解釋為非法經營罪的行為方式的，也當然不構成非法經營罪――比如無照經營行為。
生產、銷售假藥罪是指生產者、銷售者違反國家藥品管理法規，生產、銷售假藥，足以危害人體健康的行為。生產、銷售假藥罪(刑法第141條)，是指生產者、銷售者違反國家藥品管理法規，生產、銷售假藥，足以危害人體健康的行為。根據刑法修正案八的規定，只要具有主觀故意生產、銷售假藥的行為，即構成本罪。
在我們的日常生活中，作為消費者以及社會經濟秩序中的重要的一員，是一定要注意保護自己的權益的，如果遇到了非法經營等破壞社會注意市場經濟秩序的犯罪，一定要及時的加以舉報。
