1.設立方式不同
子公司一般是由包括公司在內的兩個以上股東按照《公司法》的規定設立；公司設立分支機構，一般是由總公司在其住所地之外向當地工商機關提出設立申請。
2.法律地位不同
子公司具有法人資格，擁有獨立的名稱、公司章程和組織機構，對外以自己的名義從事經營活動；分公司不具有法人資格，無獨立的名稱、公司章程和組織機構，必須以總公司分支機構的名義從事經營活動。
3.受控制方式不同
母公司對子公司一般不直接控制，多采用間接控制方式；分公司則不然，其財產、業務、人事受總公司直接控制，並只能在總公司的經營範圍內從事經營活動。
4.承擔債務責任方式不同
子公司具有法人資格，其以自身全部財產為其經營活動中產生的債務承擔責任；分公司在經營活動中產生的債務，總公司必須以其全部財產為限承擔清償責任。
【法律依據】
根據《公司法》第14條規定：分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
