遇到員工擅自離職的，用人單位應當以書面形式送達通知書，限定員工在指定時間內回公司上班，並提出如限期內不上班的處理措施。
其次，當員工擅自離職達到可以辭退的標準時侯，用人單位應當將解除勞動關係的事宜公開，並以書面形式送達離職通知書給員工，通知其前來辦理交接工作以及離職手續。
另外，如果員工違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制的，造成用人單位損失的，用人單位可以申請仲裁，要求員工賠償損失。如果用人單位為員工支付了培訓費用，而員工未到期離開的，用人單位可以要求勞動者賠償培訓費。
如果員工未與公司辦理離職手續就到其他公司上班，造成原公司損失的(有實際損失證據)，公司可以要求員工賠償損失。
《勞動合同法》第四十七條：經濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算；不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。勞動者月工資高於用人單位所在直轄市、設區的市級人民政府公佈的本地區上年度職工月平均工資三倍的，向其支付經濟補償的標準按職工月平均工資三倍的數額支付，向其支付經濟補償的年限最高不超過十二年。本條所稱月工資是指勞動者在勞動合同解除或者終止前十二個月的平均工資。
