一、甲方扣民工工資保證金的行為是否合法?
合法，啟用保證金支付農民工工資後，勞動部門將責令責任單位在30日內等額補繳已啟動支付的保證金。逾期未補繳的，建設工程專案部門對在建工程予以停工，已竣工專案不予驗收。同時，建設工程專案審批部門和勞動保障部門將責任單位記入信用檔案，通報批評並向社會曝光;情節嚴重的，依法予以處罰。
國家只是規定需要交納農民工的保證金，但是交納比例每個地區都略微不同，具體數目由各地的政府決定。下面是某地區關於農民工的保證金交納比例的規定。
退取農民工工資保證金應提供的資料。
1、法定代表人授權委託書;
2、退款人身份證原件及影印件;
3、建設工程驗收合格意見書原件及影印件;
4、務工人員工資發放花名冊(工程竣工最後三個月);
5、繳納保證金髮票原件及影印件;
6、退款前一個月“結清務工人員工資通告”的照片(通告應張貼在工程地醒目位置公示一個月以上，並註明綏陽縣勞動保障監察大隊投訴電話);
7、工程期間的勞動用工合同或每月用工登記臺帳;
8、建築企業要求退取務工人員工資保證金的申請。工程竣工驗收合格60日後，建築企業可以申請退還務工人員工資支付保證金。
二、四種情況下可支取保證金
有下列四種情形之一時，經勞動保障部門查證屬實後可以支取保證金：
1、建設企業未依法及時結算農民工工資，拖欠農民工工資的;
2、建設單位或建設企業非法轉包、分包建設工程，導致用工主體不具有法人資格而發生拖欠農民工工資行為的;
3、建設單位或建設企業法人代表或工程負責人隱匿逃跑或死亡，造成拖欠農民工工資的;
4、其他被認為拖欠農民工工資的。
工程交工後，建設單位在施工現場農民工集散場所公示本建設專案的竣工日期、工資結算結果等情況，公示時間不得少於15個工作日。凡無拖欠的，由銀行將保證金本金及活期利息一次性退還繳費單位。
這裡的甲方其實主要就是指發包方，發包方一般情況下會按照工程合同價款的3%扣除民工工資保證金，所以民工工資保證金等於是需要施工單位自己繳納的。不過，民工工資保證金在正常情況下都是可以如數退還的，比如在工程竣工以後，建設單位已經全部支付了民工的工資，可憑藉相關的材料提取保證金。
