(一)立案
工程合同糾紛在立案階段，需要審查的除了《民事訴訟法》上規定的立案條件外，就案由、管轄等方面需要特別重視和加強審查。
合同立案的審查主要包括兩個方面，審查案由和審查管轄。
1、審查案由
實踐中，大量建設工程施工合同糾紛是以其他型別合同形式出現。例如，名為合作建房實為建設工程施工合同的糾紛;名為房屋買賣實為建設工程施工合同的糾紛;名為建設工程施工合同而實為合資合作開發房地產合同糾紛。因此不僅要審查基礎合同的形式，還要對基礎合同的內容進行基本審查。
2、審查管轄
根據最高人民法院司法解釋的規定，建設工程施工合同不再如一般不動產案件適用專屬管轄規定，而是適用一般合同地域管轄，即由被告住所地或合同履行地法院管轄。
在建設工程施工合同中，合同履行地就是施工行為地，一般是施工合同項下建築物所在地。以合同履行地作為管轄地符合便於人民法院審理和便於人民群眾訴訟的“兩便原則”。但需要注意的是，作為一般合同地域管轄，當事人還可以在書面合同中協議選擇由合同訂立地、原告所在地、標的物所在地人民法院管轄。
(二)訴訟前的準備
首先，在庭前準備程式中，除進行證據交換和對證據初步質證工作外，通常需要進行司法鑑定工作。
一般有以下幾種情況：對工程造價進行稽核;對延誤工期造成的損失進行稽核;對已付工程款、墊付材料款等財務憑證進行稽核;對相關有爭議的簽證、結算材料印鑑或簽名真實性進行稽核;對工程質量進行鑑定並設計修復方案以及對修復方案所需費用作出預算等。
在建設工程施工合同案件的審理過程中，司法鑑定幾乎涵蓋了所有的鑑定內容。因此在庭前準備階段，對當事人是否在舉證期限內提出鑑定申請、是否予以准許、當事人未提出申請是否需要證據釋明等問題均需要認真審查，並根據實際情況作出處理。
其次，在庭前準備中須注意被告的反訴與抗辯問題。
在建設工程施工合同案件審理過程中，經常發生被告將反訴內容作為答辯意見提出，要求直接在本訴中抵扣的情況。針對這種情況，法官應當準確判斷上述主張屬於抗辯還是屬於反訴，並根據個案情況分別作出釋明。
在作這型別的判斷中，勢必對基礎合同條款進行詳細審查，而不能簡單地進行判斷。如在建設工程施工合同案件中，最常見的情形是，承包人向發包人主張工程欠款，而發包人以承包人逾期竣工或工程存在質量問題要求承包人承擔違約賠償責任。此類答辯意見，一般認為屬於反訴請求。但有些施工合同條款中約定了上述違約責任應當在工程款結算中直接抵扣，或原告同意在本訴中根據雙方合同的約定直接結算抵扣，對此類情形，法官也可以在本訴中一併處理，而不必要求被告提起反訴。
(三)審理
在建設工程施工合同案件庭審中，一般除了對合同條款、履行情況進行庭審調查外，對以下幾個方面也需要進行具體審查：
1、對建設工程施工專案相關手續的審查。
建設工程施工既是發包人與承包人之間的合同關係，同時因建設工程施工合同標的的特殊性，行政主管機關對建設工程施工專案也有相應的管理職責。
2、對建設工程施工合同履行過程的審查。
工程施工合同履行期間比較長，少則一兩個月，長則一兩年，甚至有些施工工程由於資金、技術等方面的原因，可能斷斷續續施工建設多年才完工。在施工過程中，承包人和發包人之間的聯絡、產生糾紛、解決糾紛的情況可以說是經常發生的。也許在這些問題產生之際，雙方尚未發展到需要對簿公堂的地步，通過協商可能當時就可以解決問題或者因雙方達成諒解而對問題予以忽略。
但是，一旦承、發包人之間產生訴訟，可能這些以前積累下來的小問題都會被作為對方違約的事實、理由而提出。這就需要法官全面審查合同履行經過，從而正確判斷案件的訴因，找到糾紛發生的導火線。通過對合同履行過程的全面審查，還能夠對造價、付款、工期、質量等案件關鍵事實有一個全面瞭解。
3、對司法鑑定結論一般需要在庭審中進行質證，充分聽取雙方當事人的質證意見。
在建設工程施工合同糾紛中，有時會涉及工程審價、工程款稽核、審計等司法鑑定內容。這些鑑定內容，從性質上屬於當事人提供的證據材料，但從內容上卻是確定案件基本事實，特別是存在爭議的事實的主要依據。一般而言，雙方對工程造價有爭議的，最終裁判結果在很大程度上由工程審價結論決定。
而承包人主張因發包人原因導致其停工、窩工損失的，無論是停工、窩工的天數還是停工、窩工具體損失的數額，除非合同有特別約定，一般也是由工期審價結論來作出確定。正是由於司法鑑定結論對案件最終結果具有舉足輕重的作用，因此對鑑定結論應當在庭審中進行正式的質證，由鑑定人對雙方當事人的質證意見發表專業意見，從而使得法官(合議庭)對鑑定結論是否足以成為定案證據作出正確判斷。
因此，當事人如果出現了工程合同的糾紛，首先想要起訴，就必須要寫一份起訴書，起訴書是最基礎的環節，在起訴書中應當寫清楚具體的原因，還有當事人的訴訟請求，然後把這個訴訟書交到法院，法院在審查之後會決定是否立案，如果決定立案，就會對案件進行審理，然後作出裁決。
