工程掛靠協議需要注意下列問題：
1、簽訂工程掛靠協議時需要注意工程掛靠人和被掛靠人之間的掛靠合同是法律關係。
2、簽訂工程掛靠協議時注意發包人與承包人也就是被掛靠人的建築工程承包合同法律關係。
3、簽訂工程掛靠協議時需要注意發包人與實際施工人也就是工程掛靠人的法律關係。
4、簽訂工程掛靠協議時需要注意供應商與被掛靠人、工程掛靠人的買賣合同法律關係。
5、簽訂工程掛靠協議時需要注意工程掛靠的僱傭關係問題。
【法律依據】根據《民法典》第五百九十五條：買賣合同是出賣人轉移標的物的所有權於買受人，買受人支付價款的合同。
