協議離婚房產公證是有效的。離婚協議公證只是證明雙方簽定協議的行為真實合法。離婚協議的公證不是離婚協議書生效的必要條件，也不能證明婚姻關係的解除。離婚協議書只要合法、是雙方的真實意思表示，經登記機關備案後生效，對雙方產生法律約束力。
在一定程度上講，對離婚協議進行公證是沒有必要的。因為離婚協議書以雙方離婚為生效要件。即便離婚協議書經過公證，但雙方沒有辦理離婚登記，沒有把離婚協議書在民政局備案，這份離婚協議仍然沒有生效。雙方協議離婚不成，一方在對協議內容反悔的，即使已經辦理公證，法院還是會認定離婚協議沒有生效。
二、協議離婚的程式是什麼?
(一)申請
當事人申請自願離婚的，必須雙方親自到一方戶口所在地的婚姻登記機關申請離婚登記。申請時應出具下列證件：
1、戶口簿、身份證;
2、本人結婚證;
3、雙方當事人共同簽署的離婚協議書。
(二)審查
婚姻登記機關應當對當事人出具的有關材料進行嚴格審查。審查過程，實際上也是對當事人進行引導、調解和說服的過程，使當事人儘可能地進行慎重考慮。審查的過程，最主要的是對離婚登記當事人出具的證件、證明材料進行審查，並詢問相關情況。審查雙方當事人對於離婚是否達成一致意見，有無欺詐、脅迫、弄虛作假等違法現象，對子女安排和財產分割是否合理等。當事人應當提供真實情況，不得隱瞞或者欺騙。
(三)登記
婚姻登記機關經過審查後，對當事人確屬自願離婚，並且已經對子女撫養、財產、債務等問題達成一致處理意見的，經過30天冷靜期後當事人申請發給離婚證的，應當予以離婚登記，發給離婚證，正式接觸雙方當事人之間的婚姻關係，其等級的其他事項也同時發生法律效力。
協議離婚是雙方通過協商的方式達成一致的自願解除婚姻關係的情況，雙方需要就各項可能出現的問題進行充分的協商達成一致意見之後簽署一份離婚協議，並按照相關的流程進行合法的登記。房產公證是有效的，但並不是影響協議離婚的必要條件。
