因為補充協議，始終都只是主合同的延伸 ，是主合同的組成部分而已。根據《合同法》(自2021年1月1日起廢止）第56條的規定，無效的合同，是自始無效的，那麼理所當然的，相應的補充協議一般也就是無效的。
只有兩種情況下，補充協議有效。
一種是無效合同終止後，雙方重新達成的關於合同善後的協議是有效的。比如，因為購房資格的限制，導致購房合同無效；於是雙方簽訂補充協議，終止合同；同時，賣方考慮到房價上漲、買房有利息等損失，願意多補償買方損失10萬元。這樣的補充協議，因為雙方是對無效合同解除後，重新達成的損失結算協議，並不違反法律的規定，因此是有效的。
另一種是雙方達成的關於糾紛解決的條款，根據《合同法》(自2021年1月1日起廢止）第57條的規定，是有效的。比如律師費由過錯方承擔，雙方在甲方所在法院訴訟解決，這樣的條款不受合同效力的影響，是有效的。
法律依據：
《中華人民共和國合同法》第五十七條
合同無效、被撤銷或者終止的，不影響合同中獨立存在的有關解決爭議方法的條款的效力。
《民法典》第五百零七條 合同不生效、無效、被撤銷或者終止的，不影響合同中有關解決爭議方法的條款的效力。
