工程合同只籤補充協議是無效的。工程建設是需要簽訂書面合同的，而補充協議只是主合同的補充約定，不能代替主合同，所以只簽訂補充協議是無效的。一般情況下，補充協議不能涉及主合同約定的主要標的物，不能對主合同進行實質性修改。如果要對主合同進行實質性的修改，其前提是必須符合法律規定事由，例如在合同履行過程中正常的變更或建築面積等的變化，就可以通過簽訂補充協議或簽證來進行。
《中華人民共和國民法典》第五百一十條合同生效後，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充;不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。
