如果產生的違約金是其支付的補償，是依附於這一應稅業務的，符合價外費用的定義特徵，就應當繳納增值稅。比如逾期發貨，所以賠償補償金的，或者購房合同雖然沒履行，但是房產中介服務已發生的，就符合上述闡述，繳納增值稅。
把合同粗分為商品銷售合同和勞務提供合同兩大類，然後再區分是銷售方或提供服務方違約，還是採購方或接受服務方違約。因為不同的合同涉及的流轉稅不同，商品銷售合同涉及的是增值稅，而勞務提供的合同涉及的是營業稅。因此違約方不同，納稅義務也不同。
首先，如果在商品銷售業務中，銷售方違約支付給購貨方的違約金，由於購買方不存在銷售貨物或應稅勞務的情形，也就不存在繳納增值稅的納稅義務，故購貨方收取的違約金不需要繳納增值稅。但對於商業企業向銷售方收取的各類費用中，如果有以違約金的名義收取，並且計算違約金的依據與商品的銷售量、銷售額掛鉤的，就屬於平銷返利行為，商業企業應衝減當期增值稅進項稅額。若違約金額計算的依據與商品銷售量、銷售額無關，則不需要繳納增值稅。
由於不涉及增值稅，因此不能開具增值稅發票，則銷售方必須取得購貨方的合法憑據，藉此證明和判斷賠償行為的真實存在和進行會計及稅務處理，具體的憑據應包括：法院判決書或調解書、仲裁機構的裁定書、雙方簽訂的提供應稅貨物或應稅勞務的協議、雙方簽訂的賠償協議、購貨方開具的發票或收據、支付違約金的銀行憑證等。銷售方在取得了購貨方開具的合法憑據後，作為成本費用，可以在企業所得稅前扣除。購貨方取得了違約金雖然不必繳納增值稅，但是需要和企業的其他收入合併一起計算並繳納企業所得稅。
如果在商品銷售業務中，購貨方違約，中國稅法規定，企業的銷售額包括納稅人銷售貨物或者應稅勞務向購買方收取的全部價款和價外費用。而違約金作為一種價外費用，取得違約金的銷售方應視為含稅收入，在徵稅時換算成不含稅收入併入銷售額計徵增值稅。銷售方需開具增值稅專用發票給購貨方，購貨方據此入賬並在企業所得稅前扣除。違約金既然包含在銷售額以內，那當然也成為企業收入的一部分，需要計算並繳納企業所得稅。
在營業稅勞務提供業務中，提供勞務方違約，則接受方不作為營業稅應稅收入，不需要繳納營業稅，也不必開具營業稅發票，只需開具收據即可。雖然不繳納營業稅，但是收到的這筆違約金需作為企業收入的一部分，計算並繳納企業所得稅。當然，勞務提供方可作為費用在企業所得稅前扣除。在營業稅勞務提供業務中，若勞務接受方違約，則勞務提供方收取的違約金屬於價外費用，應當併入營業額徵收營業稅。同時開具營業稅發票給勞務接受方作為合法的會計憑證在企業所得稅前扣除。這部分違約金也構成勞務提供方的收入，需計算並繳納企業所得稅。
但以上違約都是在合同履行期間發生的，若合同還未開始履行，或者合同因故不再履行時，支付的違約金該如何處理按照中國稅法規定，在合同實施前違約，雙方最終並沒有執行合同，或合同因故不再執行，不論哪一方違約，支付的違約金都與流轉稅無關，即不需要繳納增值稅或營業稅，收取違約金一方只需要繳納企業所得稅，而支付方憑對方收據、合同等憑證在企業所得稅前扣除。
違約金支出一般都與企業經濟業務有關，因此基本都能在企業所得稅前扣除。但是如果企業因違紀違規受到政府部門、行政機關的行政處罰，則該罰款只能作為營業外支出，不能在企業所得稅前扣除。
總的來說，對於違約金，因為違約金的特殊性，需要對它們進行分類，區分是否繳納稅費，然後確定是否屬於增值稅和營業稅的範圍，再考慮是否繳納繳納稅費。當然，買賣雙方從不同的角度來看，應該履行的義務也不同。
