簽了事業單位的三方協議有違約金嗎

不一定。
具體違約責任要看你三方協議上的約定，一般格式文字都不會有什麼嚴格的違約責任，除非事業單位和你有特別約定。或者你試用期期間，事業單位為了培訓你支付了培訓費用，那麼你離職時需要補償給事業單位相應的培訓費。