合夥合同糾紛涉及違法專案，當事人向人民法院提起訴訟的，人民法院受理後會依法作出處理的，但是需要當事人向法院遞交起訴狀。人民法院受理公民之間、法人之間、其他組織之間以及他們相互之間因財產關係和人身關係提起的民事訴訟。合夥合同是兩個以上合夥人為了共同的事業目的，訂立的共享利益、共擔風險的協議。
起訴必須符合下列條件：
1、原告是與本案有直接利害關係的公民、法人和其他組織;
2、有明確的被告;
3、有具體的訴訟請求和事實、理由;
4、屬於人民法院受理民事訴訟的範圍和受訴人民法院管轄。
合夥協議糾紛，只是屬於民事案件當中的一個案由，任何一個民事案件訴訟到法院，法院都要經過開庭審理，法官應該會根據雙方提交的證據，以及案件的具體情況來進行判決。所說的合夥協議糾紛，只是一個案由，法院都是根據證據和案件事實來判決的，無法根據一個按由來判決。如果根據一個案由判決，那麼同一個案由的案件就會出現同一個結果，對當事人是有失公平和公正的。所以說，如果訴訟之前，最好組織好相應的證據。
一般來講，當事人訂立﹑履行合同，約定相互間的權利義務，主要涉及當事人之間的權益，原則上國家權力不得加以干預。但是，當事人通過合同確定的民事法律關係，有時會涉及社會經濟秩序﹑社會公共利益及社會公德，因此，對於擾亂社會經濟秩序﹑損害社會公共利益及違反的社會公德的合同行為，國家權力必須干預。
相關法律依據：
根據《中華人民共和國民事訴訟法》第一百二十三條，人民法院應當保障當事人依照法律規定享有的起訴權利。對符合本法第一百一十九條的起訴，必須受理。符合起訴條件的，應當在七日內立案，並通知當事人;不符合起訴條件的，應當在七日內作出裁定書，不予受理;原告對裁定不服的，可以提起上訴。
綜上所述，合夥協議糾紛案件的處理原則應當包括掌握合夥的最本質特徵，合同共同約定的責任和義務，如果合夥合同糾紛中涉及違法專案的情形，人民法院會依法作出處理，對於合夥關係的認定，法院注重審查各方是否存在合夥協議及協議約定的具體內容，構成犯罪的依法追究刑事處罰責任。
