交通運輸合同風險之所以防範和規避起來比較難，一方面是由於不同運輸方式決定的合同關係中具有豐富多彩的形態，使得立法和理論解釋等方面存在許多分歧;另一方面是因為運輸合同通常以格式合同的形式出現，當事人的意志不能充分表達，而且由於資訊不對稱容易導致當事人利益失衡的現象。
此外，運輸合同的具體表現形式也多種多樣，如客票、貨票、提單、承運單等紛繁複雜，使得合同糾紛變成了家常便飯。
首先要把好合同簽訂關。合同條款應合法、完備。將自身風險降到最低，是設定合同條款的重要準則;託運人應如實申報有關貨物運輸的情況。如實申報有關貨物運輸情況是承運人履行安全地將貨物運至目的地並交給收貨人之義務的前提。如果承運人對貨物運輸情況一無所知，也難以完成運輸義務;明確貨物包裝要求。
貨物的包裝是否符合運輸要求，影響到貨物裝卸及運輸安全;明確貨物風險承擔的界限。託運人與承運人簽訂貨物運輸合同並將託運貨物提交給承運人起，至承運人將貨物交付給收貨人時止，託運貨物處於承運人的實際控制下，此期間所發生的貨物毀損、滅失，承運人應當承擔損害賠償責任。因此，應當明確貨物風險承擔的界限，何時為貨交承運人，何時為貨交收貨人。
另外就是在合同履行過程中要做好細緻入微的工作。作為託運人，在辦理託運的時候，一定要仔細審查合同的主要條款以及權利義務的約定，明確合同標的、數量、質量、價款、履行地點、期限、方式、費用等;作為收貨人，在接受貨物的時候，一定要當場檢驗檢查，發現問題及時提出異議，並做書面記錄。事後發現，及時發出異議書，並可採取拍照、公正等證據保全措施，以為將來索賠收集證據。
雖然物流運輸合同的內容很簡單，但仍然包含很多法律風險。建議在簽訂合同時，要注意儘量規避可預見的風險。雙方合作時，必須提出合作協議，如雙方合作的內容等，合作方式和合作期限均在合作協議中明確，協商好的協議條款出現，最後部分是合同的簽署部分。
