不生效，如果是補充協議作廢的情況下，原合同有可能是有效的，對於補充協議的相關條款存在異議的，由雙方協商作廢的情況下，應當對原合同也進行認定，應當由雙方協商對原合同的協力進行合法的認定，具體情況結合實際而定。
一般情況下都寫這麼一條“本合同未盡事宜經雙方協商一致簽訂補充協議，與本合同具有同等法律效力。”如果原協議沒有特別約定，經雙方協商一致簽訂的補充協議就與原協議具有同等的法律效力，其實實際操作上，“補充協議”的效力往往高於原合同。當補充合同的約定與主合同的約定發生矛盾時，應當以時間在後的約定條款為準執行。如果以原合同為準，則失去了補充合同存在的意義。
主合同與補充合同一般不會同時產生，會有時間差，主合同成立時間在前，補充合同成立時間在後，這是補充合同產生的時間規律。補充合同是主合同的從屬合同，補充合同依附於主合同而成立，沒有主合同，就不會產生補充合同，這是主合同與補充合同的基本關係。主合同因為有了補充合同，所以使得主合同原意更準確、更完善、更具有可操作性。
嚴格而言，合同補充協議是對原合同未盡事宜，或者合同履行過程新發生的情況而另外進行的約定。與合同的變更協議不同，但實務中訂立的以“補充協議”為名的協議，其實質內容卻常是合同的補充並有變更。
因此，在簽訂時要特別注意以下三個問題：
1、補充協議的當事人應當與原合同當事人嚴格一致;
2、補充協議的形式應當與原合同一樣完備;
3、嚴格防止與原合同發生內容矛盾。
補充協議作廢的情況下，原合同有可能是有效的，補充協議是對原合同的補充或者變更，一般要明確約定，如果補充協議條款與原合同不一致或發生衝突時，應當以補充協議為準，但原合同明示不得變更的條款，補充協議中對該條款發生的變更則不發生法律效力。
補充協議是對原合同的補充或者變更，一般要明確約定，如果補充協議條款與原合同不一致或發生衝突時，應當以補充協議為準，但原合同明示不得變更的條款，補充協議中對該條款發生的變更則不發生法律效力。簽訂合同之後，發現內容還需補充的，可以擬定合同補充協議。合同補充協議的擬定需要注意幾個必備資訊：一是雙方當事人的基本資訊需全面具體;二是說明擬定補充協議的原因;三是協議補充的內容或變更的內容。
簽訂合同是一件比較重要的事情，因為合同一旦簽訂，也就有了法律效力，雙方都必須履行合同上約定的義務。有的時候，合同中約定的條款可能不夠完整，這個時候，合同雙方一般會協商對合同進行補充，那麼補充協議對於原合同的效力有多大，有關補充協議的具體情況應當是根據雙方協商的情況，對原合同進行補充處理。
