三人合夥企業的股份分配是由三人協商決定的，可以參照出資比例、勞務支出比例來進行分配。分配方案可參考以下方法，股權分配把股權首先分成兩個類別：資金股權部分、經營管理股權部分。先把這兩個部分的股權分別確定清楚，至於經營股權部分，總的比例定好了之後，就可以考慮每個人在團隊中擔任的職責和能力來評估了。這個方面可能有爭持的地方，設立一些簡單的虛擬股權績效評價系統。就是說在創業過程中讓股東的股權隨著個人績效的變化有一定調整幅度的激勵制度。這個制度是中立的，因此經營股權的分配比例也是按照職責、崗位來分的，從而確定分配內容。
法律依據
《合夥企業法》
第九條
申請設立合夥企業，應當向企業登記機關提交登記申請書、合夥協議書、合夥人身份證明等檔案；
合夥企業的經營範圍中有屬於法律、行政法規規定在登記前須經批准的專案的，該項經營業務應當依法經過批准，並在登記時提交批准檔案。
